肉牛生长发育与胴体性状全基因组关联分析及目标区域测序捕获功能基因的研究

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肉牛生长和胴体性状作为肉牛生产实践中最重要的经济性状之一,对肉牛产业的发展起着至关重要的作用。2016年中国牛肉人均消费量仅为5.6 Kg/人,远低于美国(36 Kg/人)、日本(10Kg/人)等发达国家水平,且略低于世界平均水平(6.2 Kg/人)。导致我国肉牛产业滞后的主要原因包括饲养成本高、管理水平低下及肉牛品种遗传资源缺乏,尤其是遗传因素始终束缚着我国肉牛产业发展。本研究旨在利用全基因组关联分析及目标区域测序的方式,从多策略、多组学、多角度探索肉牛生长和胴体性状主效基因或QTL区间,以期深入了解生长和胴体性状遗传机制,为后续全基因组选择、分子标记辅助选择等提供可靠前提和基础。本研究得到重要结论如下:(1)对肉用西门塔尔牛五个生长和胴体性状全基因组关联分析,找到18个候选基因和4个候选区间,其中如NCAPG、LCORL等基因在之前研究中报道过,如FGF9、SPIDR、LAMA4、TCF4等为新发现候选基因,为下游分子育种提供理论基础。(2)通过多策略全基因组关联分析,对肉牛日增重性状遗传机制进行进一步探讨,三种全基因关联分析同时定位至NCAPG-DCAF16区段,解释表型方差超过4%,且发现在显著区段富集与细胞增殖分化相关转录因子结合位点,推测日增重表型变异机理可能是受相关基因表达调控,为下一步研究提供可靠依据。(3)从群体遗传角度分析NCAPG-DCAF16区段是日增重候选区段可能性。发现肉用西门塔尔牛在该区段连锁程度远高于其它地方品种,受选择强度大于地方品种,揭示了该区段是肉牛生产性状候选区段的可能性。(4)通过分析转录本表达量与表型间相关验证全基因组关联分析得到结论。首先验证NCAPG在肌肉细胞中存在三种转录本,然后发现NCAPG总表达量、NCAPG转录本XM005207785、DCAF16表达量与日增重性状呈正相关,该实验证明了之前全基因组关联分析得到推论,进一步揭示了日增重性状遗传机制。(5)通过区间捕获测序关联分析分别找到38个、77个显著标记,主要落在NCAPG基因上游调控区域,并未发现氨基酸错义突变位点,推测NCAPG基因表达量可能影响日增重表型变异致因因素。
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