品牌建设是形成产品差别化的一种主要途径。产品差异化作为企业参与国内外市场竞争的有效和主要工具，受到企业的高度重视。借助产品差别化与市场结构的关系，研究品牌建设对市场结构的影响。目前，国内外在品牌建设与市场结构之间关系的研究很少。基于这一事实，重点分析了品牌建设与市场结构之间的关系，针对药品行业市场资源配置低下的分析，研究了品牌建设对药品行业市场结构的影响，并提出相应的政策思路。 在对国内外企业行为与市场结构关系，品牌建设与市场结构关系两方面的理论进行分析的基础上，提出了针对药品行业的特殊性进行品牌建设的思路，以达到优化药品行业资源的优化配置这一论点。在此基础上，通过对药品行业的特殊性以及药品行业的市场结构分析认为，药品行业属于非耐用消费品产业，且药品本身受广告和促销活动的影响很大，属于产品差别化程度较高的产品。因此，品牌建设是形成药品行业产品差别化的主要原因。通过“囚徒困境”的博弈分析，制药企业会采用创新行为，但受制于市场集中度不高和现有的消费状况，投入产出效率低，研发周期长，制药企业创新行为主要表现在：潜在进入者的工艺创新和在位垄断者为了维护原有的垄断地位而转向的产品重新定位的创新行为。品牌建设有利于提高企业的国际竞争力；品牌建设有利于增强企业的研发实力；品牌建设有利于实现企业的规模经济。为了更好的发挥品牌的聚合效应，使品牌建设能更好的优化市场结构，达到药品行业资源的优化配置，从政府和企业两个层面，提出了药品行业品牌建设的对策及建议。 以产业组织理论为理论依据，运用博弈论分析方法，对药品企业的决策行为进行分析，得出企业在进行品牌建设过程中，所采用的一些创新行为和广告行为，进而研究了这些企业行为对药品行业市场结构产生的影响。