随着经济全球化进程的不断加快,各国纷纷意识到只有科技创新才能带来竞争力,提升国家实力,所以我国提出科技强国的口号,并不断加大对科学技术的投入。与此同时,医疗水平的高速发展使得各国老龄化趋势日益严重,人们对医药产品的需求逐渐扩大。为此,国家出台了许多针对制药企业研发创新的财税政策,研究这些政策的影响具有较大意义。企业的研发创新活动具有正外部性、不确定性等特点,为避免此引起的市场失灵、投入不足等问题,政府进行干预以促进企业研发是有必要的。本文通过梳理相关文献,从成本-收益、信息传递等视角总结了财税政策对企业研发创新的影响机制。并总结了我国制药业的发展情况、特点,分析了制药企业研发投入及财税政策的现状,在此基础上,本文搜集了2013-2017年A股75家高新技术制药企业的相关财务数据,以政府补助、所得税优惠为自变量,验证财税政策对制药企业研发投入的影响,结果发现,政府补助和所得税优惠都有激励制药企业研发投入的效果,但政府补助较所得税优惠政策的影响更加显著,这可能与财政政策的实施强度大、及时、迅速等特点有关,对此,结合国外部分国家的财税政策,本文提出以下建议:第一,继续加大政府投入,加大政府补助的力度,发挥财政政策的引导作用。第二,加大所得税优惠力度,明确并拓宽加计扣除的抵扣范围,加大加计扣除的比例,减轻制药企业的所得税负。第三是简化程序,放宽企业申请税收优惠的条件。