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从20 世纪90 年代开始,随着各种理论计算方法和分子模拟技术的发展,药物设计进入了一个崭新的阶段,即合理药物设计的阶段。其内容的核心是,针对酶、受体、离子通道以及核酸等潜在的药物设计靶点,并参考其它内源性配体或天然产物底物的化学结构特征设计出合理的药物分子,以发现选择性作用于某种靶点的新药;其方法的核心是对受体-配体相互作用的研究。合理药物设计已成为国际上十分活跃的科学研究领域。本论文以人体免疫缺陷病毒(HIV-1)整合酶为研究对象,用分子对接方法、分子动力学(MD)模拟方法和结合自由能计算方法研