通过岩石薄片和孢粉残留物观察，济阳坳陷下第三系烃源岩有机质主要有两种赋存方式：层状富集有机质和分散有机质。层状富集有机质又分为藻屑体为主的层状富集有机质和无定型组分为主的层状富集有机质，后者再细分为：微粒富集有机质和网状富集有机质。分散有机质又分为局部富集有机质和分散有机质两类。 层状富集有机质来自持久分层湖泊和季节分层湖泊，以及高湖泊生物产率、藻类交替勃发、有机质脉冲式快速沉积和底层水缺氧的强还原环境；局部富集有机质也要求高湖泊生物产率，但连续持久快速沉积，沉积物未经充分分选可能是主要成因因素，或者，原始成层富集有机质被强烈的生物搅动破坏也是重要因素之一；分散有机质产自生物产率低的氧化环境。 层状富集有机质主要产自纹层状泥质岩类，分布于孔店组二段，沙四上、沙三下、沙一下和东二段地层，层位稳定；分散有机质可以出现于下第三系的各个层段，与非纹层状泥质岩类有关。 平面上，层状富集有机质分布于深湖到半深湖相带厂分散有机质分布在滨一浅湖相带，局部富集有机质介于二者之间。