马胃蝇在世界范围内广泛分布，其幼虫专性寄生于马科动物消化道内造成宿主消化系统损伤，对牧马业发展和濒危物种保护造成阻碍。本研究基于线粒体COⅠ和COⅡ基因，分析中国3种典型草原（草甸草原、荒漠草原、高寒草原）常见马胃蝇——黑腹胃蝇(Gasterophilus pecorum)、肠胃蝇(G.intestinalis)、鼻胃蝇(G.nasalis)、黑角胃蝇(G.nigricornis)的种群遗传多样性、遗传分化、基因流水平和起源，同时与意大利、波兰、中国大庆、中国伊犁的肠胃蝇和意大利、波兰的鼻胃蝇进行比较。结果表明:1)马胃蝇各种群线粒体基因遗传多样性普遍较高。2）高寒草原由于其特殊的自然气候条件，该地区黑腹胃蝇和鼻胃蝇种群与其他两个草原的种群存在高度的遗传分化，自然地理环境的差异对种群遗传结构的塑造具有重要影响。3）草甸草原与荒漠草原间各马胃蝇物种交流频繁，遗传分化程度很低。4）肠胃蝇种群间交流最为频繁，仅在大地理尺度存在遗传分化，遗传结构印证其广泛分布。5）分布于草甸草原的黑腹胃蝇、肠胃蝇、鼻胃蝇种群均表现出极高的迁出率，暗示马胃蝇在中国的传播方向为自东向西。　　基于马胃蝇在中国新疆地区普氏野马(Equus przewalskii)群体中的普遍流行，本研究针对不同生存条件下的普氏野马感染马胃蝇的多样性和感染特点进行研究，结果表明:1）不同生存条件下普氏野马马胃蝇感染量差异显著，野马中心周边的马科动物隔离区和专供饲草可有效降低马胃蝇蛆病的感染。2）不同生存条件下普氏野马感染马胃蝇种类存在差异，在圈养种群中未发现当地极端优势种——黑腹胃蝇，说明其基于食草的传播链被切断。3）马胃蝇多样性指数和均匀度显示不同生存条件下野马感染马胃蝇的多样性差异明显，卡拉麦里保护区马胃蝇区系处于极端状态。4）生活环境的异质性可导致马胃蝇感染特点分明。