明知推定是认定明知的重要方法。但在明知推定的具体适用中，将事实推定排除在推定范围之内，扩大明知的范围，误解了明知推定应有的内涵，忽视了其应有的理论和实践功能。本文在剖析推定的本质概念的基础上，归结出明知推定的合理性，赋予明知推定新的内涵，明确明知推定是特定明知的推定，是有规则约束的推定。全文分为四个部分：第一部分，概述。这部分首先介绍研究推定的基本概念和分类，通过分析推定的现行理论概念的混乱，以及推定分类的纷繁复杂状况，说明推定研究的必要性。在此基础上，明确明知推定是对特定明知的推定，是事实推定，是可反驳的推定，是与证据证明具有同等效力的推定，为下文展开论述提供基础。第二部分，明知推定的根据。主要从两个方面论证明知推定的存在根据。其一为明知推定的理论依据，着重分析了明知推定的必要性、可行性、合理性；其二为明知推定的司法依据，通过归纳总结国内外对明知推定的立法、司法的规定和适用，分析出我国明知推定与事实推论之间存在的混乱和明知推定反证的缺乏等问题，为确立适用明知推定的规则提供准备。第三部分，明知推定的规则。根据第二部分的分析整理，探讨适用明知推定的规则。提出明知推定的一般规则：证明补充性规则、基础事实必须真实可靠规则、推定事实符合案件事实规则；推定明知的共同准则：从犯罪的客观方面推定明知、严格限制推定明知的范围、认真对待反驳。通过设置明知推定的规则，最大限度的保证适用推定认定明知的真实性，防止明知推定的滥用、泛用。第四部分，明知推定的具体适用。通过对奸淫幼女犯罪明知推定、毒品犯罪明知推定和涉黑性质组织犯罪明知推定这三种犯罪类型的研究，探索推定在具体案件中如何认定主观明知。