21世纪以来,伴随着世界经济一体化的飞速发展,国家之间的贸易活动更加紧密和频繁。与此同时,世界范围内金融危机的接连爆发使得经济安全问题更加突出。在此背景下,风险管理作为一门新兴的管理学科受到了各国政府和工商界的广泛关注。海关作为进出境人员和货物的监管机构,如何运用风险管理的理论实现高效运作和严密监管,在实现贸易便利化的同时保障贸易安全,是新形势下面临的挑战。在海关全面深化改革的新形势下,海关稽查作为海关后续监管不可分割的重要组成部分,对于提高通关效率,实现监管空间的前推后移,引导和规范企业守法自律,促进贸易便利化等方面有着极其重要的作用。文章结合南京海关稽查的实际工作,融合规范研究和案例分析这两种方法,通过对风险管理理论、海关稽查工作职责、工作模式的阐述以及风险管理理论在稽查工作中应用现状的分析,探索研究风险管理更好作用于稽查工作的对策,以此防范走私违法活动,促进企业守法自律,提升监管效能,促进贸易便利化和保障贸易安全。