毛竹(Phyllostachys edulis)是竹亚科(Bambusoideae)刚竹属(Phyllostachys)的单轴散生型植物,是中国栽培历史最悠久、面积最广、经济价值最重要的竹种。毛竹种内有许多变异类型,形态多样性十分丰富,是重要的种质资源。现有的研究多基于单个分子标记探究毛竹群体遗传多样性,对毛竹变异类型的系统发育与进化历史研究甚少。本文通过文献整理和野外考察,总结了毛竹变异类型的数量和形态特征;通过形态学标记进行分析,确定了毛竹变异类型的主要变异性状;基于转录组数据重建了毛竹变异类型的系统发育关系,初步探究了这些变异类型的分化时间和主要表型性状的演化历史。本研究丰富了人们对于毛竹变异类型的系统进化的认识,为毛竹种质资源保护和利用奠定理论基础,为阐明竹类植物多样化形成的动力和机制提出了新的见解,同时也摸索出一种适用于种下等级系统发育研究的新策略。主要结果如下:1)毛竹变异类型数量和形态特征。共整理发现具有合法双名的毛竹变异类型27种;聚类分析和主成分分析表明,本研究所关注的9个形态学性状标记可分为颜色和物理外形两大类,其中秆型、秆色和叶色是主要变异性状。2)毛竹变异类型的系统发育分析。通过低拷贝直系同源基因和SNP数据集建立了毛竹变异类型的最大似然系统发育树,其中基于SNP数据集的系统发育树对毛竹变异类型的系统发育关系解决较好;取样的21个毛竹变异类型与野生群体样本形成单系,支持这些变异类型是从毛竹群体中变异来的观点;江西可能是毛竹多样性的中心地区。3)毛竹变异类型的进化历史分析。分子钟结果表明,毛竹种内约在0.4个百万年前发生快速分化事件;祖先状态重建分析表明,秆型、秆色和叶色等性状变异在大多变异类型里均为独立演化,花毛竹(Ph.edulis f.taokiang)和黄皮花毛竹(Ph.edulis f.huamaozhu)在形态变异上的一致性是趋同进化的结果;生物地理学分析表明,毛竹变异类型的系统发育关系与地理分布趋势不一致;毛竹种内的快速分化和丰富的多样性,可能与气候、杂交渐渗、种群内部基因交流和其复杂的引种栽培历史有关。