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辣椒是一种重要的蔬菜和调味品,四川作为我国辣椒种植大省,常年种植辣椒约7万hm2。炭疽病是辣椒生产过程中的一种毁灭性的病害,在采前及采后都会造成严重的产量损失。而目前关于四川辣椒炭疽病病原的研究很少,并不能为炭疽病的防治起到有效的指导作用。本试验在2012年到2013年间,从四川成都、绵阳、眉山、雅安等9个市28个区县采集到173份辣椒炭疽病病果,通过组织分离和单孢纯化后,筛选得到88个炭疽菌菌株。1.对88个菌株进行形态鉴定(包括菌落形态、菌落生长速率、孢子的形态和大小、孢子附着胞的形态和大小和菌丝附着胞的形态)及GAPDH基因的进化分析。从中筛选出46个菌株进行特异性引物检测(引物为CgInt/ITS4、CaInt2/ITS4和CcInt/ITS4,分别用于检测Colletotrichum gloeosporioides复合种、Cacutatum 复合种和C.truncatum)和基于内转录间隔区(ITS)、β-微管蛋白(TUB2)、肌动蛋白(ACT)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)和钙调蛋白(CAL)基因的多基因系统发育分析。综合形态鉴定和分子鉴定的结果,确定四川辣椒炭疽病由7种炭疽菌引起,分别是C.gloeosporioides、C.simense、C.fructicola、C.truncatum、C.scovillei、brevisporum及Colletotrichum sp.(疑似新种)。其中 C.gloeosporioides、C.simense 和 C.fructicolaa属于C.gloeosporioide复合种,C.scovillei属于C.acutatum复合种。供试菌株中C.truncatum的数量最多,有32个,占总菌株数的36.4%,为辣椒炭疽病病原菌的优势菌种。C.simense和C.scovillei是首次在中国的辣椒上发现,为中国新纪录种。致病性测定显示,所有菌种都能对辣椒致病,其中C.scoillei对辣椒的毒力最强,在两种辣椒上发病率都达到了 100%。7个种都能够侵染皇冠梨,因此可能7个种都是非寄主专化型。这一结果表明这些种引起的辣椒炭疽病也可能成为其他寄主潜在的初侵染源。2.用ISSR分子标记对采集的88个菌株进行遗传多样性分析,从35条供试引物中筛选得到8个条带清晰且多态性好的引物。用8个引物对88个菌的DNA进行扩增后共得到116个条带,其中115个为多态性条带,多态性比例达到99.14%。7条引物的多态性比例都达到了 100%,仅引物841的多态性比例为93.33%。用UPGAM法进行聚类分析得到树状图。在相似性系数0.56水平上,可以将所有菌分为三个类群,将聚类结果和鉴定结果对比后发现:类群Ⅰ包括C.truncatum,Colletotrichumsp.和 C.brevisporum;类群Ⅱ包括C.gloeosporides 复合种中的菌株;类群Ⅲ为C.scovillei。在相似系数0.63水平上可以将类群Ⅰ的三个菌种分开;在相似系数0.7水平上,可以将类群Ⅱ的三个菌种分开。基于ISSR分子标记的聚类结果与GAPDH基因构建的进化树和多基因系统发育树的结果一致,表明这一分子标记能够有效的在种的水平上进行区分。观察聚类结果还发现88个菌没有明显的按地理来源集中分布的情况,因此其遗传分化与地理位置没有明显的相关性。