甘南牦牛CYGB基因外显子多态性的PCR-SSCP分析

来源 :甘肃农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wumingwuming2009
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为获取甘南牦牛CYGB基因的序列信息,本研究对甘南牦牛CYGB基因进行PCR扩增,成功获得了甘南牦牛的CYGB基因序列,并通过Lasergene7.1和PredictProtein等相关软件对其核苷酸序列、编码产物的基本理化性质等方面进行了预测和分析,并在此基础上,应用PCR-SSCP技术检测出甘南牦牛300份样品中CYGB基因CDS序列的多态性分布状况。得到结果如下:一.通过克隆得到长度为8484bp的甘南牦牛CYGB基因序列,生物信息学分析表明:1.甘南牦牛CYGB基因包括4个外显子和3个内含子,外显子的大小分别143bp、232bp、164bp和34bp,内含子的大小分别为5175bp、280bp和2379bp。2.甘南牦牛CYGB基因序列G+C含量略高,且编码区G+C含量明显高于非编码区。3.甘南牦牛CYGB基因编码一条由190个氨基酸残基组成的多肽链,其分子量为21459.6D,等电点为6.62。4.在甘南牦牛CYGB中,每个氨基酸对于同义密码子有着强烈的使用偏性。5.同源性进化分析表明,CYGB基因的进化树与其物种树基本一致。二.利用PCR-SSCP技术,对300头甘南牦牛CYGB基因的4个外显子区域进行多态性检测,结果如下:1.在P5引物扩增的包括整个第一外显子以及部分内含子的区域,没有点突变。2.在P6引物扩增的包括整个第二外显子以及部分内含子的区域,没有点突变。3.在P7引物扩增的包括整个第三外显子以及部分内含子的区域,发现1处点突变,在甘南牦牛群体中表现AA、AB两种基因型,由A、B两个复等位基因控制。基因型频率分别为0.960和0.040,复等位基因A、B的频率为0.980和0.020。其中等位基因B处发生了C→T突变,该突变发生在外显子3的第114bp处,使得氨基酸编码序列上的第163个密码子由ACC突变成ACT,因为ACC、ACT所编码的都是苏氨酸,所以该突变没有引起氨基酸水平的变化。4.在P8引物扩增的包括整个第四外显子以及部分3’侧翼区和内含子的区域,发现2处点突变,在甘南牦牛群体中表现AA、AB和AC三种基因型,由A、B、C三个复等位基因控制。基因型频率分别为0.800、0.100和0.100,复等位基因A、B和C的频率为0.900、0.050和0.050。等位基因B处发生了A→C突变,该突变位点发生在3’UTR区。等位基因C处发生了A→G突变,该突变发生在外显子4的第25bp处,使得氨基酸编码序列上的第188个密码子由TCA突变成TCG,因为TCA、TCG所编码的都是丝氨酸,所以该突变没有引起氨基酸水平的变化。
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