本研究应用纯培养法分离南海硇洲岛潮汐带香港巨牡蛎（Crassostreahongkongensis）样品中相关可培养细菌，采用16S rRNA基因序列的系统发育分析方法研究分离菌株的系统发育多样性，对分离菌株进行抗菌活性筛选，运用多相分类技术对几株潜在新分类单元的菌株进行系统分类学研究，系统了解湛江硇洲岛潮汐带牡蛎样品中的可培养细菌多样性，从中发现一些有着开发利用抗菌物质的菌株以及部分潜在新类群的分类地位确定，为在中国南海微生物资源的研究保护和开发利用打下基础。用添加0–25%（w/v）NaCl的NA、MA和MH培养基从样品中分离到102株细菌，通过菌落形态、细胞显微形态和革兰氏染色结果及部分生理生化实验结果，对分离菌株进行了初步观察和进一步筛选去重复，从102个分离菌株中挑选出74个具有代表性的菌株作进一步16S rRNA基因序列系统发育多样性分析。详细见（表2-1-1）。结果显示，74株菌属于细菌域的4个大的系统发育类群（Gamma-Proteobacteria，Alpha-Proteobacteria，Bacteroidetes，Firmicutes）的16个科（Idiomarinaceae，Enterobacteriaceae，Halomonadaceae，Rhodobacteraceae，Xanthomonadaceae，Alteromonadaceae，Vibrionaceae，Pseudoalteromonadaceae，Shewanellaceae，Aeromonadaceae，Phyllobacteriaceae，Flavobacteriaceae，Bacillaceae，Staphylococcaceae，Enterococcaceae，Carnobacteriaceae）、18个属（Idiomarina，Morganella，Proteus，Halomonas，Paracoccus，Wohlfahrtiimonas，Marinobacter，Vibrio，Pseudoalteromonas，Shewanella，Oceanimonas，Nitratireductor，Myroides，Bacillus，Virgibacillus，Staphylococcus，Enterococcus，Trichococcus）（表2-1-1）。其中Gamma-Proteobacteria亚门菌株占优势（45株，60.8%），其余依次是Firmicutes门（12株，16.2%）、Bacteroidetes门（11株，14.9%）和Alpha-Proteobacteria亚门（6株，8.1%），可以归为38个物种，大多数与其最近的已知菌株系统发育关系（相似性在94.3%–99.8%之间）存在很大的遗传差异。其中JSM111069可能代表Carnobacteriaceae科的潜在新属；菌株JSM111039和JSM111085可能分别代表Bacillus属的两个新物种，菌株JSM111020、JSM111072和JSM111090可能分别代表Pseudoalteromonas、Proteus和Idiomarina属的新物种。用8个敏感菌株作为指示菌，包括3株革兰氏阳性菌、3株革兰氏阴性菌、2株真菌，运用管碟法对72株菌作抗菌活性筛选，并对5株有较强抗菌活性的菌株作了16S rRNA基因序列的系统发育分析。结果表明，72株菌有24株的发酵产物具有抗菌活性，阳性率为33.3%，这5株菌分别属于Oceanimonas属（JSM111024，JSM111027，JSM111029，JSM111083）和Nitratireductor属（JSM111076）。对部分潜在新分类单元运用多相分类方法进行了系统分类学研究。详细分析比较表型和生理生化特征、细胞化学组分和系统发育分析以及DNA-DNA杂交数据，确定了2个菌株的分类地位，即菌株JSM111039和JSM111085被确定为Bacillus属的新种，被分别命名为南海芽孢杆菌（Bacillus nanhaiensis sp. nov.）和湛江芽孢杆菌（Bacillus zhanjiangensis sp. nov.）。上述结果表明，湛江硇洲岛潮汐带牡蛎中蕴藏较为丰富的微生物多样性，其中存在着较多的新类群和一定比例有着抗菌活性的菌株，是一类具有研究和开发利用的微生物资源。