研究背景和目的:食管癌是预后较差的癌症,由于侵袭性进展和治疗耐药性,需要临床监测和及时改进治疗方案。我们的前期研究中发现检测食管癌组织的肿瘤突变负荷(TMB)有助于预测抗PD1治疗疗效。但这类患者多为晚期,较难获得组织标本。基于循环肿瘤DNA(ctDNA)的无创活检对多种肿瘤的分子诊断、监测疗效及预测复发都显示出较好效果。在肺癌等肿瘤中,基于血ctDNA的TMB(bTMB)对预测免疫治疗疗效也显示出较好效果。但迄今为止,食管癌ctDNA研究和应用均较少。本研究旨在基于ctDNA无创活检对食管癌抗PD-1抗体治疗进行bTMB评估、预后预测及疗效监测。方法:1.应用己建立的ctDNA检测新方法(MutationCapsule),可以对同一份ctDNA标本进行多基因大panel检测和若干热点突变的高特异性检测。基于此技术,我们使用覆盖1280个基因热点突变的大panel评估食管癌外周血ctDNA的bTMB,并以组织TMB(tTMB)为参照,验证bTMB作为食管癌免疫治疗生物标志物的可行性;2.对食管癌患者进行HLA I类基因分型,评估HLA杂合性与食管癌免疫治疗疗效和预后是否相关;3.监测ctDNA水平在治疗过程中的变化。结果:用组织外显子估算的tTMB和用1280panel估算的bTMB呈中度相关性(Spearman=0.5037),高 bTMB 组(bTMB>8)有效率为 61.5%(813),低 bTMB组(bTMBkkk≤8)有效率为47.1%(8/17)。HLA杂合型患者抗PD-1抗体免疫治疗有效率为85.71%(12/14),而HLA纯合型患者免疫治疗有效率只有27.27%(3/11),HLA杂合型组的中位PFS为7.683个月(95%CI:1.884-9.188)、HLA纯合型组的中位PFS 为 1.867 个月(95%CI:0.1088-0.5423),p=0.0022。25 例食管癌中 28%(7 例)患者血浆和组织测到的突变没有重叠,相比之下,另外72%(18例)的患者在组织和血液中共享了大多数TMB变异,其中,38.53%的TMB仅在血液中,26.15%的TMB仅在组织中,二者共享35.32%的TMB。大部分患者ctDNA水平变化与免疫治疗反应相关,显示出ctDNA是监测病程和疗效的有效工具。比较8例食管癌患者基线和进展后血浆中基因变化,发现31.38%的突变基因仅在基线血浆中,36.82%的基因出现在复发后,31.8%的基因在整个疾病过程中持续存在。结论:食管癌组织tTMB和血浆bTMB呈中度相关,与低TMB组相比,高TMB组中患者免疫治疗的有效率较高;与纯合型相比,HLA杂合型患者的免疫治疗有效率和生存率显著提高和延长,提示HLA分型可能是潜在的预测食管癌免疫检查点阻断治疗疗效的生物标志物。肿瘤异质性可能是造成晚期食管癌患者组织与血浆中突变基因集差别较大的原因。大部分患者ctDNA水平变化与免疫治疗反应相关,显示ctDNA是监测病程和疗效的有效工具。研究背景和目的:慢性粒细胞白血病(CML)是一种由t(9;22)(q34;q11)相互易位引起的疾病,通过应用靶向酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗可获得较好疗效。然而,一些患者未能从靶向治疗中获益并且进展到晚期阶段。应答者和非应答者之间的潜在机制和免疫结构的差异尚未完全阐明。随着近年来测序的发展,单细胞转录组测序技术己经能够鉴定肿瘤异质性和亚克隆群体,因此本研究旨在通过单细胞转录组测序揭示慢性粒细胞白血病在靶向治疗过程中的分子改变。方法:我们采用10X Genomics技术对4名不同预后的患者和1名健康志愿者的总共62914个细胞进行单细胞转录组测序,这些细胞涵盖了疾病发展期间的不同阶段。检测免疫细胞随CML进展的变化,以及患者在TKI治疗后免疫应答的特征。结果:在鉴定的所有白血病细胞群中,8个细胞群高表达红细胞标志物,并且转录物的绝对数量远高于其他细胞群。我们找到3个表现出明显样本特异性的细胞群(10,19和14),这些祖细胞群在BT细胞中表现出压倒性的富集,特别是在预后不良的患者中这些早期细胞的比例较高,表明这些祖细胞群可能与伊马替尼治疗预后相关。此外,对于所有患者,伊马替尼治疗对正常外周血功能结构的恢复具有明显的积极作用。与健康供体相比,预后好的2名患者的CD8T细胞或NK细胞比例较高,而单核细胞比例较低,表明TKI治疗会导致对T细胞谱系的分化偏倚。结论:研究中4例患者的白血病细胞都表现出红细胞分化的典型特征;与应答者相比,对伊马替尼治疗反应差的患者治疗前外周血样本中原始细胞比例较高。此外,伊马替尼治疗显著改变了应答者和非应答者的细胞群组成。