近年来我国经济的中高速增长带动医药行业的迅猛发展，据中国医药工业信息中心的数据显示，医药行业对我国GDP的贡献率逐年增长，规模持续扩大，对我国经济的增长、产业结构转型及人民生活水平的提高做出了贡献。然而国际分工及世界多元化的深化加剧了中国医药行业的竞争，对我国医药行业的稳健与可持续发展构成威胁。医药行业在发展过程中也逐渐暴漏出生产集中度低、创新能力弱，原研药稀缺、产品同质性高、生产成本居高不下等弊端，严重掣肘行业的稳健发展。为在世界市场中获得有效资源配置并通过核心竞争力的构建与形成以维持医药行业稳健、持续发展，作为公司战略工具的并购则成为当下我国医药行业结构转型与优化并向医药强国转变的最佳途径和必然选择。但是并购是否使得企业资源得到合理配置，是否能有效促进医药企业绩效的提升，又有哪些因素影响着企业并购绩效则是现阶段以及本文所要研究的重点。　　本文选取2011年发生广义并购事件的医药上市公司为研究样本，在系统性、可行性、定量性及目标性等指标选取原则的基础上，通过对医药行业内外部环境的系统性分析，最终确定克强指数、公司设立年数、员工素质、股权集中度及所有权属性等五个环境指标。运用三阶段DEA模型剔除环境变量对经营绩效的影响，并对所选27家医药上市公司在2005年至2017年间的经营效率进行测度，通过将并购前五年、当年及并购后六年的运营绩效加以对比分析，并从传统DEA模型及能剥离环境变量影响的DEA模型所测度出的纯技术效率、规模效率及综合效率三个方面的变化来具体阐述所选医药公司并购绩效的变化规律、资源配置情况。　　通过数据分析，本文得出以下结论：并购有利于医药企业经营绩效的提升，但具有长期效应；从医药企业并购后的经营绩效的变化情况来看，医药企业短期资源整合能力较弱；所选环境变量对企业经营绩效的影响作用显著，其中克强指数即经济环境变量与总资产、主营业务松弛变量呈正相关，与企业在职员工人数松弛变量为负相关。而企业设立年数与总资产、主营业务成本变量呈负相关，与员工人数变量呈正相关。员工素质、股权集中度与投入松弛变量成负相关，所有权属性则与投入松弛变量成正相关；且规模效率不佳是造成我国医药上市公司并购绩效低下的主导因素等结论。　　最后，本文针对我国医药上市企业在并购中所存在的问题提出应鼓励创新，加强知识型人才队伍建设；政府应适当干预企业并购，鼓励非国有医药企业并购；合理规划并购投入规模；注重并购后的资源整合等相关建议，以期对医药行业并购资源的有效配置以及并购绩效的提升提供参考意见。