我国2006年颁布了《中华人民共和国农民专业合作社法》(以下简称《农民专业合作社法》),该法的颁布标志着我国农民专业合作社建设进入了法制化的时代。农民专业合作社经依法成立便具有法人资格。作为法人之一种类型的农民专业合作社与营利性公司法人具有某些相似的组织特点,在内部治理方面可以借鉴公司法人治理的某些经验；但其合作性和非营利性等不同于商业性公司的特性决定,农民专业合作社在内部治理制度设计方面又不可能完全照搬公司法的有关规定,而必须根据其性质和宗旨建立与之相适应的内部治理结构。本文分三个部分,主要内容如下：第一部分,农民专业合作社及其内部治理结构,首先对农民专业合作社的概念和特点进行了探讨。根据我国《农民专业合作社法》第二条规定,农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上,同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者,通过自愿联合、民主管理形成的互助性经济组织。笔者认为,这一界定揭示了我国农民专业合作社的本质和基本特点,准确概括了农民专业合作社的内涵。农民专业合作社作为合作社的一种类型,具有合作社的一般特征,但除此之外,还有它自身的特点,即社员以农民为主,经营活动是与农业有关的专业性生产或服务活动,具有农民互助合作的性质。它的宗旨是为社员服务,为全体社员谋求共同利益。从法律地位来看,依法成立的农民专业合作社具有法人地位,但与营利性公司法人不同,它是非营利性的经济组织。在对农民专业合作社的概念、特点等基本问题进行分析、概括的基础上,本部分还对农民专业合作社的内部治理结构这一概念的内涵和外延进行了分析。由于农民专业合作社与公司都是具有法人地位的经济组织,因而,对农民专业合作社治理结构这一概念也可以参照公司法人内部治理结构进行界定,通过对有关公司内部治理结构定义的分析,文中对农民专业合作社内部治理结构给出了作者自己的定义。最后,笔者就完善农民专业合作社内部治理结构的重要意义提出了自己的看法。第二部分,我国农民专业合作社内部治理结构存在的问题,从现有制度和实践出发,对我国农民专业合作社存在的各种问题进行了系统的梳理和分析。笔者认为,完善的农民专业合作社内部治理结构应当是合作社的决策权、执行权和监督权相互分离,并具备有效的激励、约束和决策制衡机制。当前,从合作社的性质出发,农民专业合作社以社员代表大会作为最高决策机构是合理的制度安排,但是,实践中,这一制度并没有很好的施行；而合作社的理事会、经理、监事会组织设置和权力配置则存在一定的缺陷,决策权、执行权、监督权难以形成有效的制衡,需要进一步加以完善。第三部分,我国农民专业合作社内部治理结构的完善,针对第二部分揭示的问题,对完善我国农民专业合作社内部治理结构提出了系统的建议。内容涉及社员代表大会、理事会、经理、监事会的设置及内部权力配置和制衡机制。笔者希望这些建议能够为我国农民专业合作社内部治理结构的完善有所裨益。