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分子标记是开展家蚕功能基因组研究的基础,目前这种技术已经在家蚕中得到了较为广泛的应用。然而,作为第二代分子标记的微卫星标记（Simple sequence repeats,SSR）在此之前在家蚕中仅有为数不多的报道。本研究利用本研究组通过建基因组文库-杂交-测序-设计引物的方法获得的SSR分子标记,进行了家蚕品种资源的遗传多样性分析、遗传连锁图构建及茧质性状的QTL定位、定位镇江株浓核病毒不感染基因nsd-Z并将连锁的SSR标记应用于分子标记辅助育种研究。主要研究结果如下:1、用26个SSR标记研究了31个代表性家蚕品种资源的遗传关系,这些SSR标记在家蚕品种间表现出丰富的多态性,等位片段数量在2-17个,平均为7.2个。每个SSR标记的平均杂合度在0-0.60之间,最高值为0.96。平均多态性指数为0.66（0.12-0.89之间）。用Nei（1978）的方法分析了各品种间的遗传距离,UPGMA聚类结果与传统意义上的形态分类方法接近。所获得的SSR数据经主成分分析支持UPGMA方法的聚类结果。2、用生产上广泛应用的家蚕品种菁松和茧质较差的品种兰10作为亲本组配了BC1分离群体,用SSR标记构建了分子连锁图并对全茧量、茧层量、茧层率、蛹体重进行了QTL分析。与全茧量、蛹体重和茧层量相关的各3个QTL位点分别位于第1和第23连锁群。与茧层率相关的2个QTL位点分别位于第18和第19连锁群。3、利用家蚕减数分裂过程中雌性染色体上的基因不发生交换的特点,以对浓核病毒高度感染的家蚕品种Js和不感染的品种L10分别组配了2种类型的回交群体,即F1为雌的BC1F群体和F1为雄的BC1M群体,分别用于nsd-Z的定位和连锁分析。用22个BC1F群体筛选到7个与nsd-Z连锁的SSR标记。用190个BC1M群体构建了一个长度为80.6cM的连锁图,nsd-Z基因被定位在30cM处,与之最近的标记Fl0316与该基因距离4.4cM。4、利用分子标记辅助选择技术在连续回交群体中选择携带nsd-Z的优良个体。连续6代回交后自交,经济性状已经达到实用品种水平,经添食病原证实分子标记辅助选择是高效的育种手段之一。