区域创新受所在区域的自然条件、社会历史条件、经济发展水平和技术积累水平的制约,其创新活动必然会有不同的起点、内容和途径。任何一个区域的创新模式都是在一定的约束条件下的模式,而成功的模式必定是既适合自身实际而又顺应时代趋势的发展模式,创新的方式和路径也有着显著差别,探索合适的创新模式对于区域发展具有重要意义。本文通过区域创新现象解读,深入分析影响区域创新模式的各种因素,发现区域创新的优势与存在问题；通过对区域创新规律的研究,为区域创新模式选择提供依据和基础：通过对世界主要经济体和我国各省份创新活动的研究,为区域的创新模式选择提供引导和借鉴。主要研究工作如下：(1)本文对区域创新模式的研究现状和相关理论方法进行了梳理,界定了区域创新的内容和基本要素,认为区域创新模式是基于区域资源禀赋,综合考虑区域创新时空发展特征,实现创新目标的方式与途径。从“创新模式及选择”、“创新模式影响因素”、“主体因素”及“区域创新环境”四个方面构建了区域创新模式分析框架,为区域创新模式研究提供了方法思路和分析基础。(2)针对区域创新在时间维度的特征分析,首次提出用区域经济发展水平、区域创新强度、区域创新强度增长率来表征区域创新的时间演化特征。分析表明区域创新强度随区域经济发展水平的提高呈对数增长,而区域创新强度增速随区域创新强度的提高呈对数下降。为定量分析区域创新在时间维度的特征,构建了区域创新时间演化特征的综合评价模型。(3)揭示了区域创新空间演化的实质是创新活动的空间状态转移,包含区域内部的创新集聚和区域间的创新溢出。利用世界典型国家和区域数据归纳了区域创新空间集聚与区域创新水平的U形曲线演变特征以及区域创新空间溢出机理,综合两方面内容构建了包括区内集聚与区际溢出的区域创新空间演变综合测度模型。(4)首先构建了包括人力资源、财力资源、物力资源和信息资源的区域创新资源要素指数测度模型。在区域创新时间演变和空间演变特征分析的基础上,建立了基于时间-空间-资源的区域创新模式选择三维模型。根据创新综合评价指数,将区域创新分为内生创新模式、内生输入创新模式、平衡创新模式、输入内生创新模式和输入创新模式。根据投入主体在区域创新中的主导关系,将区域创新划分为三种主导类型,即政府主导、企业主导及政府企业双主导,构建了二元区域创新模式分类体系。(5)运用三维综合指数和主导类型判断方法,对我国各地区的区域创新特征及模式选择进行了实证研究。结果表明,我国31个地区的区域创新模式分别为：政府主导下的内生创新、平衡创新和输入创新模式；企业主导下的内生输入创新、平衡创新和输入内生创新模式;政府企业双主导下的输入内生创新模式。并针对不同地区的创新发展问题提出了相关对策建议。