本文的目标是研究生物信息数据仓库技术，并在此基础上建立一个统一的基因数据仓库平台，主要的工作包括： 　　1.在分析当前生物数据库特点的基础上提出了使用生物信息数据仓库技术来集成生物信息数据库的模型。讨论了生物信息数据仓库的特点、系统结构、主题选取、数据组织等诸多问题。这不是对数据仓库技术的简单应用，而是结合生物数据和生物研究的特点，提出了和一般数据仓库技术不一样的生物信息数据仓库的构建原则和思路。 　　2.研究了生物信息数据仓库中源数据的抽取转换和知识的动态获取问题。分析了源数据的常用格式，设计了相应的源数据抽取转换算法，并实现该算法为一个数据抽取-转换模块；讨论了生物信息数据仓库中的动态知识获取问题，给出了一个较好的分配、集成策略，并动态地从本地或者外部数据源获取知识。 　　3.考虑到生物学家的普遍需求，本文利用上述生物信息数据仓库技术和两个工具模块，构建了一个基于疾病的基因数据仓库BioWorld，BioWorld从多个不同的生物信息数据库中集成了包括基因、蛋白质、DNA、疾病、文献在内的数据，并提供了丰富的WEB检索功能。 　　4.本文还对mRNA二级结构和停止子约束下的蛋白质相似性搜索的复杂性进行了分析，证明了该问题NP完备性，并设计了一个时间复杂度低，最优近似比比较好的近似算法。在这个近似算法的基础上，开发了一个蛋白质相似性搜索工具MRSO-Tool，对BioWorld进行了发展。