目前我国处于转变经济增长方式的关键阶段,实体经济尤其是制造业的发展面临着更高标准的要求。新能源汽车由于燃料可再生、环保的特点,成为推动产业结构升级的支柱性引领型产品。为了大力发展新能源汽车,财政补贴和税收优惠已成为国家最常用的政策激励工具,在未来几年内对新能源汽车的发展依旧至关重要。本文对财政补贴政策和税收优惠政策对新能源车企研发投入的影响进行比较研究,期望为进一步完善和改进新能源汽车补贴政策,提升政策绩效提供有益思考。本文首先分析了新能源汽车领域的政策支持现状和研发投入现状及其存在问题,在此基础上,分别基于政策工具和产业链角度对财政补贴和税收优惠两项政策进行比较分析。发现:就政策工具而言,财政补贴和税收优惠都能增加企业研发的意愿以及引导技术研发的方向,但两者在作用时间、作用机制、作用效果三方面存在本质上的不同。在作用时间方面,财政补贴由于“事前扶持”特性,引发企业策略性创新行为的可能性更大;在作用机制方面,两种政策影响研发投入的中介变量不同,同时财政补贴的持续性、稳定性更差;在作用效果方面,财政补贴对企业研发投入的支持力度不如税收优惠。就政策发生作用的产业链环节而言,将新能源汽车产业链中下游分为中游核心零部件、中游传统零部件、下游整车、下游配套设施四个环节,税收优惠政策对不同环节的发展存在激励效应,但由于各环节在技术特征、发展现状、补贴现状等方面存在差异,导致对不同环节企业研发投入的作用效果也有所不同。根据以上两个角度的分析,提出本文的理论假设。然后,本文选取比亚迪和小鹏汽车两个典型案例,通过案例内分析和跨案例分析,对财政补贴和税收优惠政策工具异同之处的理论假设进行验证。接下来,本文以新能源汽车行业上市公司为研究样本,采用固定效应模型,对财政补贴和税收优惠对新能源汽车行业上市公司研发投入的影响进行实证比较和分析。结果表明:（1）当企业同时享受财政补贴和税收优惠两项政策时,税收优惠政策能够明显促进新能源车企的研发投入,财政补贴则没有效果;（2）财政补贴政策对新能源汽车产业链四个环节企业研发投入均没有激励作用,税收优惠政策对企业研发投入的激励效应因所处产业链位置不同而存在差异,对配套设施企业的激励效果最强,之后依次是三电系统企业、整车企业,对传统零部件企业没有激励效果。最后,本文从财政补贴、税收优惠、其它配套制度三方面出发提出了相关政策建议,认为应该提高研发环节税收优惠力度,对产业链各环节企业实行差别化税率,完善配套设施的税收优惠政策,最大限度地发挥税收优惠政策对新能源车企研发投入的激励作用。