李通玄的修行思想,主要是为了解决顿悟和修行的关系问题。他反对把修行过程看成古今过去三世延续的观点。认为这是凡夫的情见,是错误的把日常观念用于修行,是不符合顿悟原则的。李通玄以顿悟智慧的原理为核心,按涅槃学复性论为理路,在综合道家自然主义哲学和儒家道德哲学的基础上,将《华严经》中讲述善财参五十三善知识事例为内容的《入法界品》作为经体,依《起信论》的“一心开二门”原理整合善财代表的众生修行和五十三善知识代表的菩萨行和佛智慧。而后再把《华严经》中吸引人瞩目的美轮美奂的华藏庄严世界解释成是对智慧修行因果体用的象征和证明。为了强调五十三善知识的统一性,李通玄将他们和十住、行、地、十一地五位修行一一对应,再用十波罗蜜主伴关系来解释他们的差别和联系。最后再用毗卢遮那佛的根本不动智慧来统合修行的全过程。这样就既弥合了顿悟的瞬间性和修行过程长期性之间的矛盾,又解决了众生行和菩萨行的差异性问题。同时还用修行主体变化和智慧本体不动的辩证关系来统一凡夫从发愿到立信、初发心、出世修行、入世菩萨行和无作无功智慧大用的过程。并用智慧本体不变而智慧之万用又不异本体这一即体即用的思想来强调他们的原理一致协调性。李通玄并没有像禅宗那样为了突出智慧顿悟的重要性,而把修行内容完全的内在化和心性化;而是强调复杂多样长期的修行、普度众生和佛果庄严的整体性和统一性,也就是“周遍”。修行的周遍就是在时间上(三世)和空间上(十法界)的周遍。虽然所有的菩萨都是依普贤万行理想而展开修行实践的,但是在他们对治习气的过程中,还是有初发心、出世、入世、无作无功行等逻辑层次区别的,而这种区别也只是在习气消减多少的意义上才成立的。从智慧的高度上说,习气并没有实体性,所以这种区别也不是实质性的。由于凡夫在发愿修行的第一刻起,在初发心时就得到了佛智慧的全体,所以修行解决的后天习气是假有的,因假有的习气会影响智慧的显现,所以才需要对治。所以在修行的过程中所显示的人的种种变化和庄严境界都因习气的减少而产生,智慧本体并不会改变。这样就解决了修行“渐渐”和顿悟的一念之间的矛盾,所以一念就是三世,一处就是十法界。这样,对时空的超越性就不在是于佛境界所独有的,而是从修行的一开始就展开的,所以万行都是不离一时的。