肺炎克雷伯菌医院血流感染暴发的分子流行病学研究

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目的医院感染暴发即在医疗机构或其科室中,短时间内发生3例以上同种同源医院感染事件的现象。医院感染暴发,病死率高,易引起公众的普遍关注。为了有效地控制感染的流行,必须迅速查明感染源,目前公认的查找感染源的方法是分离病原菌并对其同源性进行分析。本研究选取一起近期医院血流感染暴发事件分离的肺炎克雷伯菌株,应用抗生素药敏试验,脉冲场凝胶电泳和多位点序列分析的方法对病原体进行同源性分型,为及时有效的控制感染的流行提供依据。方法1、菌株来源和药敏试验:试验菌株分离自天津市某医院外科病房2010年7月16日至7月28日5名医院血流感染患者的8株肺炎克雷伯菌临床株(Kpl-Kp8);对照菌株分离自同期天津市另一家医院感染科病房的6株肺炎克雷伯菌临床株(Kp9-Kp13)。采用琼脂纸片扩散法(K-B法)和微量肉汤稀释法(MICs)检测肺炎克雷伯菌临床株对11种常用抗菌药物(氨苄西林、头孢唑林、庆大霉素、头孢哌酮、环丙沙星、头孢曲松、阿莫西林/克拉维酸、美罗培能、哌拉西林、复方磺胺甲恶唑、氨曲南)的耐药性。2、脉冲场凝胶电泳(PFGE):提取肺炎克雷伯菌全基因组DNA,经限制性内切酶Xbal酶解后进行肺炎克雷伯菌全基因组DNA的脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析。3、多位点序列分析(MLST):从试验株中选取菌株Kp1及另2株Kp4,Kp5;从对照株中选取2株Kp9和K13,共5株肺炎克雷伯菌临床株,分别扩增其7个管家基因(rpoB,gapA,mdh,pgi,phoEinfB,tonB)的核心片段(318bp-501bp),并进行序列分析,将测序结果提交国际数据库网站http://www.mlst.net,获得菌株的ST型。结果1、药敏试验:8株试验菌株对11种抗菌药物的药敏结果显示:菌株Kp1对氨苄西林、头孢唑林、庆大霉素、阿莫西林/克拉维酸耐药,对美罗培能、哌拉西林、复方磺胺甲恶唑、氨曲南、头孢哌酮、环丙沙星、头孢曲松敏感;菌株Kp2等其他7株肺炎克雷伯菌临床株的抗生素药敏谱完全相同,且均为多重耐药菌,即对氨苄西林、头孢唑林、庆大霉素、头孢哌酮、环丙沙星、头孢曲松耐药,对阿莫西林/克拉维酸、美罗培能、哌拉西林、复方磺胺甲恶唑、氨曲南敏感。6株对照菌株中:菌株Kp14对11种抗菌药物均敏感;菌株Kp9和Kp12对哌拉西林、氨苄西林、头孢哗林、庆大霉素、头孢哌酮、环丙沙星、头孢曲松、阿莫西林/克拉维酸耐药,对美罗培能、复方磺胺甲恶哗、氨曲南敏感;其它3株菌的药敏谱不尽相同。2、PFGE结果:8株试验菌株中,共分出2型,菌株Kp2-Kp8共7株肺炎克雷伯菌临床株的PFGE谱型一致,即均具有11条电泳条带,且相应条带大小相同,为PFGE Ⅱ型;菌株Kp1具有12条电泳条带,与Kp2等其它7株有7条条带以上的差异,为PFGE I型。6株对照菌株共分出6型,其电泳条带数9-12条不等,均具有7条以上条带的差异。3、MLST的结果:3株试验菌株中,菌株Kp4,Kp5具有一致的MLST型,即ST133(12,1,1,2,5,1,36),与菌株Kp1(10,1,1,1,9,4,12)有5个基因座不同,为不相关菌株。2株对照菌株中,菌株Kp13的ST型为ST86(9,4,2,1,1,1,27)与菌株Kp9(1,1,1,1,1,1,36)具有6个基因座的不同,为不相关菌株。这一研究结果与PFGE的研究结果一致。菌株Kpl与菌株Kp9均在MLST数据库中未查询到相应的ST型。菌株Kp1的ST型与ST23, ST548, ST793, ST808最为接近,菌株Kp9的ST型与ST15, ST132, ST326, ST655, ST709, ST748最为接近。结论1、经抗生素药敏试验、脉冲场凝胶电泳和多位点序列分析的分型研究,可以判定天津市某医院外科病房2010年7月16日至7月28日手术后发生的5例血流感染患者为肺炎克雷伯菌医院血流感染暴发。分离自患者A的痰和血液中的肺炎克雷伯菌(Kp2,Kp3,Kp6)与分离自患者B(Kp4),C(Kp5),D(Kp7),E(Kp8)4名患者血液中的肺炎克雷伯菌为同一克隆株,根据5名患者感染的先后顺序,可能患者A为此次医院感染暴发的感染源,通过交互感染传给B,C,D,E四名患者。分离自患者A腹腔引流液的菌株Kp1与分离自其痰(Kp2)和血液中(Kp3,Kp6)的肺炎克雷伯菌不具有同源性。菌株Kp6可能是患者A的感染未治愈或为治愈后的二次感染。2、抗生素药敏谱分型对初步判断医院血流感染暴发有一定价值,尤其适合于基层医院,但精确性欠缺。3、脉冲场凝胶电泳分型与多位点序列分析等分子生物学分型方法,均显示了一致的分型结果,对医院感染暴发的调查及追踪溯源有重大价值。 PFGE分型结果可靠,能较好反映流行病学相关性。MLST分型结果易于标准化,可进行不同实验室间的比较,且实验过程较简便,更具推广价值。
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