五大国防军工总公司改组为十大军工集团公司，以及科研体制由计划经济体制向市场经济体制的转变，使S研究院的外部环境同以前相比发生了根本性的变化。有了竞争而且竞争变得日趋激烈，市场游戏规则发生了变化，用户左右市场的能力日益增强。长期按国防科研计划经济体制运行的S研究院难以适应这些变化，尽管其内部资源在行业中占优势，但在目前的竞争中处于不利地位，现行运行模式已不能适应市场化要求，需要通过变革以适应外部环境的变化。 论文分析了S研究院的内部条件和外部环境，认为S研究院内部资源在行业中具有优势，具备了形成核心能力的内部条件。但由于长期的计划体制的影响，其内部活动与外部环境相脱节，从而产生了一系列不适应竞争、市场和环境变化的问题，影响了核心能力的形成。在此基础上，借鉴业务流程再造(BPR)理论，利用信息技术对S研究院的业务流程再造进行了研究。 在信息技术应用的基础上，再造了S研究院科研生产流程，理顺了科研生产流程内部六项活动(战略研究、情报信息研究、基础研究、预先研究、研制、小批生产)的关系，使之形成了一个完整的流程，以解决内、外部脱节问题；再造了科研生产的核心流程——研制流程，大大缩短了研制周期并能大幅度降低研制费用，提高了竞争实力；再造了S研究院办公管理流程，解决了办公管理效率低下的问题，也为再造后新的流程的有效运行打下了基础。通过再造，还整合了S研究院的研究力量和情报信息研究力量，使之为研制和战略研究提供强大的支撑，论文最后确立了S研究院内部局域网的建设方案、运行机制以及运行框架软件的使用功能，为业务流程再造奠定了技术基础。