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雪兔为国家二级保护动物,其遗传分化、系统分类和进化一直处于争议中。本文从其线粒体全基因组和D-loop区序列探讨雪兔遗传多样性和系统进化。雪兔线粒体基因组全长约为17750bp,其中包括13个蛋白质的编码基因(PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个控制区,与其他兔属动物线粒体全基因组的排列顺序完全一致。37个被编码的基因中,9个由轻链(L链)编码,为ND6基因和8个tRNA基因,其它28个均由重链(H链)编码。碱基含量A+T(61.26%)大于C+G(38.74)%,重链上的C碱基所占比例明显多于G碱基。雪兔线粒体基因组全序列各基因间隔区域共有9处,基因重叠区域共有14处。13个蛋白质编码基因的总长为11393 bp。其起始密码子主要为ATG,有3个为ATT。终止密码子大部分为TAA,其它多为不完全终止密码子。密码子使用频率最高为CGA,最低为CGG。氨基酸使用频率最高的为Ala、Ile、Leu、Ser和Thr。tRNA预测的二级结构,除tRNA-Ser (AGY)的DHU臂缺失,其余tRNA都是典型的三叶草结构,共存在29处碱基错配。雪兔线粒体DNA的L-复制起始区长43bp,D-loop区位于15448～17755之间,长约2299bp,其D-loop区的串联重复区(TRS)由31个ACCCACGTAC和GCGCACGTAC的十碱基重复序列组成。不同地理位置采集的雪兔个体的线粒体全基因序列稍有差异,其中采自阿尔山市的228号的差异最为明显。兔属动物的13个蛋白基因和2个rRNA基因中,12SrRNA变异最小,ND4L基因变异最大,而ND3基因在雪兔种内变异最大。所研究的雪兔D-loop区序列单倍型多样性Hd为1,没有单倍型共享现象。核苷酸多样性π为0.04294；核苷酸差异均数(k)为47.36575。共分化为三支,不同地区雪兔之间有着较频繁的基因交流,历史上种群处于动态平衡。不同方法构建的系统发育树拓扑结构基本一致,雪兔个体都位于北极谱系内。7个线粒体全基因组中,7个个体无法类聚到同一个分支上,分化为三支,12号、004号和KJ397605号雪兔个体相对比较保守,聚为一支,其它4个个体分布在其它野兔分支中,可能是基因渐渗造成。