破除地方保护主义,保证依法独立行使检察权已经成为如今司法改革的主旋律。但是,从目前我国检察机关的设置情况来看,我国绝大多数的检察机关都是按照行政区划来设置的,如此的设置方式与改革的目标不符,不能够有效地保证司法公正。因此,党的十八届三中全会提出“探索建立与行政区划适当分离的司法管辖制度”,之后的十八届四中全会提出“探索建立跨行政区划的人民检察院”。两个跨行政区划的试点检察院:上海市检察院第三分院以及北京市检察院第四分院也就应运而生。在跨行政区划检察院成立的两年多的时间里,其在保障司法公正方面发挥了巨大的作用,试点工作也取得了显著的成果。然而,改革的过程中难免就会存在问题,尤其是跨行政区划检察院在管辖刑事案件方面存在的一些问题更是不容忽视。本文即是以两个试点检察院近两年来受理管辖的刑事案件为样本,通过对样本的分析试图发现跨行政区划检察院在刑事案件管辖方面存在的一些问题。比如说,管辖标准模糊、跨度太小等问题。对于这些问题,本文也试图从跨行政区划检察院的体系建设以及制度设计两个层次来寻找解决问题的办法,并结合我国目前司法改革的现状来说明监察委员会的设立对跨行政区划检察院刑事管辖权的影响,力求对后续监察委员会的改革研究乃至整个司法改革提供一些借鉴意义。