哲布尊丹巴活佛转世系统是清代藏传佛教四大活佛传世系统之一,与达赖喇嘛、班禅额尔德尼、章嘉呼图克图转世系统齐名。哲布尊丹巴活佛转世系统形成于明末清初。1691年,康熙皇帝在多伦诺尔会盟之时,一世哲布尊丹巴呼图克图被正式册封为“大喇嘛”,位居喀尔喀王公之首,标志着哲布尊丹巴呼图克图作为最高政教首领掌管喀尔喀蒙古地区的政教事务。一世、二世哲布尊丹巴呼图克图均出生于土谢图汗部,对喀尔喀蒙古的政治、宗教、文化方面有着非常重要的贡献,在抵制沙俄侵略、调停内部纷争、实现清王朝统一大业等方面作出了巨大贡献。从三世哲布尊丹巴呼图克图起,历世均为藏族,这是哲布尊丹巴转世系统在认定方面的重要转变,也是清朝皇帝干预、限制该转世系统的一个重要表现。清代中后期,哲布尊丹巴世系在政治上建树颇少,但四世、五世哲布尊丹巴呼图克图在兴建寺庙、整顿寺院秩序、弘扬佛教等方面做出了重大贡献。八世哲布尊丹巴呼图克图是历史上最有争议的一位活佛,历史功过,评价不一。青年时代的八世哲布尊丹巴呼图克图桀骜不驯、狂放不羁,但其天资聪颖、精进佛法,其很多重要的政治思想都形成于这一时期。1911年,八世哲布尊丹巴呼图克图作为外蒙古的政教首领,发起了“民族独立运动”,并在辛亥革命后,同内地各省接踵脱离清王朝。八世哲布尊丹巴呼图克图领导的外蒙古先后经历了“独立”、自治、撤治、二次“独立”的政治变革。虽然,八世哲布尊丹巴呼图克图的每一次的政治善变都与中央政府治蒙方略和当时时局的动荡息息相关。但是,八世哲布尊丹巴呼图克图不顾外蒙古是我国不可分割的一部分的历史事实、国民政府之反对、各族人民之抗议、外蒙古之社会民情,公然提出不切实际之“独立”和建立“大蒙古”的计划,其行径有悖于国家统一、民族团结、内外蒙古人的共同愿望。八世哲布尊丹巴呼图克图领导的外蒙古“独立”最终走向覆灭是历史必然。1924年八世哲布尊丹巴呼图克图圆寂。1925年外蒙古制定了“政教分离”政策,随后又颁布了法令,废除外蒙古的活佛转世制度,彻底终止哲布尊丹巴等活佛的转世和迎请。20世纪30年代初,苏联领导人斯大林对外蒙古实行极左的专政方针,将消灭外蒙古的佛教视为巩固政权,巩固国防实力的前提与保障。斯大林政府在外蒙古扶持了以乔巴山为代表的倾苏派,并在1937年至1939年实施“肃反”运动。1945年雅尔塔会议召开后,外蒙古独立并成为保卫苏联领土安全的“缓冲地带”。毋庸置疑,八世哲布尊丹巴呼图克图是外蒙古独立的始作俑者,但纵观外蒙古独立的全过程,将外蒙古之独立完全归咎于八世哲布尊丹巴呼图克图一人所为,与实际不符,也过分夸大了八世哲布尊丹巴呼图克图的能力与地位。此外,八世哲布尊丹巴呼图克图对外蒙古宗教、文化、法律创新以及与中央政府经济往来方面做出的努力也应予以客观评价。八世哲布尊丹巴圆寂后,外蒙古在苏联强权宗教政策的指导下,摒弃了传统藏传佛教文化,但是藏传佛教作为蒙古人民的主要宗教信仰,在蒙古信众中的地位始终未动摇,并在维护社会稳定、规范社会道德等方面表现出了强大的影响力。1990年,时隔近70年,在蒙古国大呼拉尔会议上,宗教界又重新提出了恢复佛教的决议,确立了藏传佛教的文化主导地位,并对上世纪20年代至40年代,蒙古国宗教极端主义进行拨乱反正。特别是正确评价宗教首领八世哲布尊丹巴呼图克图的历史地位,并对九世哲布尊丹巴呼图克图再认定的思考,可谓意义重大。1990年,蒙古国举办了八世哲布尊丹巴呼图克图诞辰120周年学术研讨会;1995年,又举办了一世哲布尊丹巴呼图克图诞辰360周年学术研讨会。两次研讨会的召开,对哲布尊丹巴呼图克图系统的宗教地位、政治地位给予了肯定,对其历史功绩给予了客观的评价。此后相当长一段时间,蒙古国信众将迎请远在印度达兰萨拉的九世哲布尊丹巴呼图克图作为佛教复兴“最高目标”,并积极展开了有关迎请的各项准备工作。蒙古国佛教界经过20余年的不解努力及蒙古国政府的大力支持,2011年11月2日,九世哲布尊丹巴呼图克图作为蒙古国正式公民,在乌兰巴托甘丹寺举行了盛大的坐床仪式,被蒙古国各界共同奉为佛教最高领袖。九世哲布尊丹巴呼图克图被正式迎回蒙古国,这既是蒙古佛教史上的一件大事,也是蒙古国的一件大事。2012年3月1日(白月节初八日)九世哲布尊丹巴呼图克图在蒙古国甘丹寺圆寂,如今蒙古国又面临着十世哲布尊丹巴呼图克图的寻访、认定,继任之十世哲布尊丹巴呼图克图将延续哲布尊丹巴呼图克图之名号,继承历辈哲布尊丹巴呼图克图的功德,完成历辈哲布尊丹巴呼图克图利乐众生的遗业,继续弘扬佛教。蒙古国对藏传佛教传统的恢复,对哲布尊丹巴呼图克图的再认定,既符合广大蒙古民众的愿望,又传承弘扬了蒙古族传统文化。在肯定藏传佛教优越性、历世哲布尊丹巴呼图克图贡献的同时,也肯定了藏传佛教对蒙古国当今社会发展仍然有不可估量的重要作用。哲布尊丹巴活佛转世系统的延续,是藏传佛教在蒙古国传承与弘扬的重要表现,对藏传佛教宗教主导地位的确立有积极深远的影响,对抵制外来宗教的侵袭,确保蒙古社会的长治久安,和谐社会的构建、智慧型国家的建设以及哲布尊丹巴世系在蒙古国的延续有着至关重要的作用。