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香菇(Lentinulaedodes)是中国主产的食用菌之一，在食用和药用方面有着重要的作用。为进一步选育优良品种、研究香菇品种的亲缘关系、有效的保护和利用现有的优良的种质资源，并为完善现有香菇品种的自主产权制度和新品种保护提供分子水平品种鉴定技术。本研究在摸索适用于香菇的银染法AFLP分子标记技术体系的基础上，以收集到的26株在国内广泛栽培的香菇菌株以及5株来自日本的香菇栽培品种作为供试材料，建立了香菇主要栽培品种的DNA指纹图谱，对其遗传多样性进行分析。利用优化的AFLP技术体系和CEQ遗传分析仪分析检测了31个香菇菌株的AFLP反应，构建了香菇的AFLP遗传信息数据库，分析探讨了香菇菌株的分子鉴定。得到以下主要结论：
1、针对本实验室现有的试验条件，建立并优化了适用于香菇的AFLP银染反应体系，并在DNA提取、限制性内切酶酶切、接头连接、两次扩增以及银染技术等多个环节进行了探讨，优化反应条件的基础上得到了稳定、清晰、分辨率较高的指纹图谱。。
2、对引物组合进行了筛选，从谱带总数、多态性带数、谱带分离情况、谱带清晰情况加以评价，引物组合经过最终筛选得出了带数较多、条带清晰度高、多态性较高的6对引物，用于后面的AFLP多态性检测。
3、运用所筛选的引物组合建立了31株香菇主要栽培品种的DNA指纹图谱。每个引物组合的扩增位点数为50～80个，用6对引物共扩增得到了443条DNA带，其中189条为所有菌株都共有的条带，多态性条带为254条，多态性比率为57.34％，说明收集到的香菇菌种具有一定的遗传多样性，他们之间存在一定的遗传差异。运用NTSYS-pc2.1Version分析软件计算遗传相似聚类，直观表现品种的相似程度。尽管部分香菇菌株间的亲缘关系非常接近，但在指纹图谱上个体间仍然表现出差异，说明AFLP能够高效的鉴别香菇菌株。
4、利用CEQ遗传分析仪检测香菇菌株AFLP反应的扩增结果，采用5对引物对31个菌株进行扩增，共得到786条条带，其中共有条带为113条，这可能是香菇菌株的共有带，多态性条带为673条，检测出的多态性比率为85.6％，相比较银染方法CEQ仪器在检测效率上明显要高。
5、利用5对引物对31个菌株进行扩增的CEQ检测结果，构建了由31个香菇菌株组成的AFLP遗传信息数据库，库中数据详细标明AFLP扩增条带的大小、强弱。对数据库进行分析，得到一些能稳定重复的DNA分子标记，分别是：45(E11M17：101.20，E14M18：136.36)，507(E11M17：170.87)，7402(E14M18：213.96，269.35)，闵丰(E14M18：567.49)等。这些特异性条带能够作为库中已收录香菇菌株的特异性分子标记。