IL-1β基因启动子区和编码区SNPs与胃癌易感性的相关性研究

来源 :山东省医学科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lilinli2
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【目的】胃癌是最常见的恶性肿瘤之一,其死亡率在男性中仅次于肺癌,在女性中仅次于乳腺癌,我国属于胃癌的高发区,研究胃癌发病原因具有重要意义。胃癌的原因很复杂,个体的发病往往是多种因素相互作用的结果,本研究选择IL-1β的基因多态性来进行研究,原因在于:白介素1β(IL-1β)基因的SNPs决定了IL-1β蛋白的表达水平,后者决定了个体对幽门螺杆菌(HP)的易感和预后,而HP又是胃癌的重要致病因素,一连串的因果关系再加上各个因素具备研究的可操作性,使得IL-1β基因的SNPs成为良好的候选目标。希望通过本项研究,观察IL-1ββ-31、-511、-1464和+3954四个位点的等位基因在人群中是否达到遗传平衡,四个位点基因多态性的分布是否与性别有关,比较它们在正常人群和胃癌患者中的分布是否存在差异,分析各基因型和等位基因频率与胃癌易感性的关系,期望筛选出与胃癌易感性有关的多态性位点,探索胃癌易感的遗传因素。 【材料和方法】研究对象分为对照组和病例组,前者共138例,男112例,女26例,均来自山东大学临床医学院济南市中心医院健康查体中心,要求排除冠心病、糖尿病、肿瘤、慢性炎症、粒细胞减少及高尿酸血症等疾病,并且胸透无钙化灶。病例组为131例胃癌患者,男101例,女30例,病理诊断确诊胃癌。所有标本均采集2ml EDTA抗凝外周静脉血,-20℃冰冻保存。本研究中我们采用两种方法来检测SNPs,其一是基因芯片法,其二是限制性片断长度多态性方法。前者操作比较简单,自动化程度高;后者比较繁琐,首先提取DNA,而后用聚合酶联反应来扩增目的基因,扩增产物再用限制性内切酶进行消化,最后琼脂糖凝胶电泳,通过酶切片断的泳带来判断结果。 【结果】 1.无论是病例组还是在对照组,IL-1β-31、-511、-1464和+3954四个位点的等位基因在人群中均已达到遗传平衡。(IL-1β-31对照组:X<2>=1.765 P=0.414病例组:X<2>=0.196 P=0.907;IL-1B-511对照组:X<2>=0.076 P=0.963病例组:X<2>=0.388 P=0.824:IL-1β-1464对照组:X<2>=3.853 P=0.146病例组:X<2>=0.031P=0.984:IL-1 B β+3954对照组和病例组相同:X<2>=0.063 P=0.802)。 2.IL-1β-31、位点三种基因型CC、CT、TT在对照组男性中的分布频率分别为27.7%、42.9%、29.5%;女性为46.2%、38.5%、15.4%,三种基因型在男女性别中的分布无显著性差异(x<2>=3.969 P=0.137),表明正常人群中该位点的基因多态性与性别无关。 3.IL-1β-31位点三种基因型CC、CT、TT在病例组男性中出现频率分别为27.7%、50.5%、23.8%;女性分别为50%、43.3%、6.7%,两组比较有显著性差异(x<2>=7.992 P=0.018),说明三种基因型在男性和女中分布不同,表明胃癌患者中该位点的基因多态性与性别有关,女性多表现为CC纯合,而男性多表现为TT纯合。 4.IL-1β-31三种基因型CC、CT、TT在对照组中的分布频率分布为31.2%、42%、36.8%,在病例组中的分布分别为31.3%、48.9%、19.8%,两组比较无显著性差异(x<2>=2.083 P=0.353),说明该位点的基因多态性与胃癌易感性无关。携带CC纯合子基因型增加患胃癌的风险(OR:1.357,95%可信区间:0.702-2.623);携带CT杂合子基因型也会使胃癌发病的风险增加57%(OR:1.570,95%可信区间:0.849-2.904))。 5.IL-1β-511位点三种基因型CC、CT、TT在对照组出现频率最高的是CT杂合子,男性中达到46.8%;女性中占到了一半以上(53.8%),T等位基因的携带频率分别是54.3%和57.7%。经统计学分析,基因型分布频率和等位基因携带频率均无显著性差异(基因型:x<2>=0.376 P=0.829;等位基因:x<2>=0.019 P=0.741)。说明在正常人群中,IL-1β-511位点的基因多态性与性别无关。 6.在病例组中,IL-1β-511位点CT杂合子基因型的分布频率在男性达到56.3%,TT纯合子分布频率最低,为21-3%;女性胃癌患者中TT纯合子的分布频率达到了50%,而CC纯合子的分布频率只有4.5%,三种基因型在男女性别中的比较有统计学意义(x<2>=8.555 P=0.014);另外,T等位基因的携带频率也具有统计学意义(x<2>=7.587 P=0.006)。上述两方面表明,在胃癌患者中IL-1β-511位点基因型分布频率和等位基因携带频率在病例组中与性别有关,该位点的基因多态性与性别有关。 7.IL-1β-511位点CT杂合子在对照组与病例组中的分布频率高于其它两种基因型,分别为47.7%和53.9%,等位基因T的携带频率在两个组别中也都要高于C,分别为54.7%和54.4%对45.3%和45.6%。统计学分析显示基因型的分布频率(x<2>=0.823 P=0.663)和等位基因的携带频率(x<2>=0.003 P=0.957)都无显著性差异,说明IL-1β-511位点的基因多态性在病例组和对照组中无分布差异,与胃癌易感性无关。携带CT杂合子基因型的个体胃癌发病风险会增高30.5%(OR:1.305,95%可信区间:0.637-2.674);携带TT纯合子基因型个体的胃癌发病风险略有增加(OR:1.027,95%可信区间:0.467-2.261)。 8.IL-1β-1464位点CC、CG、GG三种基因型在对照组男性和女性中的分布频率分别为30%、38%、32%和31.6%、31.6%、36.8%,经统计学分析无意义(x<2>=0.305 P=0.858);等位基因C、G在男女两组中的分布频率分别为49%、51%和47.4%、52.6%,也无统计学意义(x<2>=0.034 P=0.854)。上述两个方面说明IL-1β-1464位点的基因多态性在正常人群中与性别无关。 9.IL-1β-1464位点CG杂合子在男性胃癌患者占到53.1%,女性患者为52.6%,统计学分析P=0.02<0.05;等位基因C和G的分布在不同性别中的分布也存在显著性差异(x<2>=5.378 P=0.02),表明IL-1β-1464位点的基因多态性在病例组中的分布存在性别差异. 10 IL-1β-1464位点的CG基因型在对照和病例组中占比例最大,分别为37%和39%,CC纯合子的比例最低;两种等位基因在两组中的分布频率都是G高于C,统计学分析基因型(x<2>=3.227 P=0.199)和等位基因(x<2>=0.02 P=0.96)在两组中的分布均无显著性差异,表明该位点的基因多态性在病例组和对照组中的分布无差别,与胃癌易感性无关。CG杂合子基因型携带者的患病风险是CC纯合子基因型携带者的1.67倍,95%可信区间为0.865-3.224。 11.对照组中的112男性标本有103例为CC纯合基因型,26例女性标本皆为CC纯合型,所有138例标本中未发现TT纯合基因型。应用皮尔逊卡方检验(PearsonChi-square Test)基因型,应用连续校正卡方值(Continuity CorrectedChi-square)检验等位基因,两者均无显著性差异,表明在对照组中IL-1B+3954位点的基因多态性与性别无关;病例组131人未发现TT纯合基因型,30例女性胃癌患者中只检出1例CT杂合基因型,应用连续校正卡方值对男女两组的基因型和等位基因的分布进行卡方检验,均无显著性差异,表明在胃癌患者中IL-1B+3954位点的基因多态性与性别无关。在对照组和病例组中CC基因型的分布频率分别为93.5%和93.1%,无统计学意义(x<2>=0.013 P=0.0.909);等位基因C的分布频率在两组中分别为96.7%和96.6%,统计学分析也无显著性差异(x<2>=0.013P=0.911)。说明IL-1B+3954位点的基因多态性在病例组和对照组中的分布无差异,T等位基因和CT基因型的携带者,胃癌发病风险略有升高。 【结论】IL-1β-31、-511、-1464和+3954四个位点的等位基因在人群中达到遗传平衡。IL-1β-31、-511、-1464和+3954位点的SNPs在正常人群中的分布无性别差异;而-31、-511、-1464三个位点的SNPs在胃癌患者中的分布存在性别差异。IL-1β-31、-511、-1464和+3954四个位点的SNPs在正常人群和胃癌患者中的分布无差异,与胃癌易感性无关。 IL-1β-31位点的CC、CT基因型,IL-1β-511的CT基因型,IL-1β-1464的CG基因型可增加胃癌的发病风险。
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