2012年3月14日，全国人民代表大会通过的《刑事诉讼法修正案》（以下简称2012年《刑事诉讼法》）吸收了两个《证据规定》中的重要内容，从而将瑕疵证据补正规则的规定上升为国家基本法律的高度。但是，刑事瑕疵证据补正制度在实践中运行情况如何，需要进行实证的考察和研究。鉴于此，本文以调研报告的方式来反映刑事瑕疵证据补正制度在实际中的运行情况并对存在的问题展开论述，以期完善立法。本文分为四个部分,共约1.9万字：第一部分是对刑事瑕疵证据的理论概述。该部分首先界定了瑕疵证据的概念，从概念中得出瑕疵证据有四个方面的特点，指出了法律之所以给予其补正的根本原因在于轻微违法性；为避免实务中将瑕疵证据视为合法证据而直接采纳或者当作非法证据而直接排除，随后介绍了瑕疵证据的范围以及与非法证据的区别，从这两个方面明确瑕疵证据的内涵与外延；虽然在现行的法律规定中，对瑕疵证据程序规则规定得比较粗疏，但是，在实践中运行瑕疵证据补正规则既是实现诉讼目的与平衡诉讼价值的需要，也是我国目前司法现状所必须，因此，本部分最后分析了对瑕疵证据进行补正的正当性。第二部分是刑事诉讼瑕疵证据运用的调研情况。首先是调研的地区与调研的形式，本文以两个区县法院的刑事法庭为调研对象，通过查阅新刑事诉讼法实施后审结的案件证据存在瑕疵的卷宗、向人民法院发放问卷及与实务部门工作人员进行交谈这三种形式对刑事瑕疵证据进行实证调查；其次是实践中审判人员对刑事瑕疵证据理论认知状况的问卷调查，主要考察了办案人员对瑕疵证据的特点和与非法证据的区别的认知情况及其对瑕疵证据相信程度、瑕疵证据经过补正后被采信的比例问题，以此来了解审判人员对瑕疵证据的认知情况；再次是瑕疵证据审查与采信过程的调查，如果说规范瑕疵证据的补正程序是确保证据可靠性的重要保障的话，那么，严格审查经过补正后的瑕疵证据的证据资格就是确保正确定案的重要保障，这一环节从采信瑕疵证据是否需要补正、启动瑕疵证据补正程序主体、瑕疵证据补正方式、瑕疵证据补正执行主体、补正执行人是否出庭说明情况、补正后瑕疵证据证据资格的审查这几方面对程序补正情况进行研究。第三部分是刑事瑕疵证据补正制度存在的问题。一是法官认定瑕疵证据的随意性大，在我国目前基层法院法官整体素质不高的背景下，承办案件法官可能存在错用或者滥用自由裁量权的危险，非常不利于我国诉讼公正的发展；二是被告人和辩护人在瑕疵证据补正程序中的知情权和参与权未得到有效的保障，由于补正程序的启动还不公开透明，瑕疵证据补正制度运行模式呈现出由法官控制和比较封闭的特点，在这样的环境下，被告人及其辩护人既难知情又难参与,容易导致补正程序在方向上的倾斜；三是补正手段运用还不够规范，一定程度上影响了瑕疵证据补正的效果。实务中，以补正的方式对证据瑕疵进行更正的情况很少,绝大多数证据瑕疵都是通过合理解释的方式予以补正；四是对补正主体的规定不够明确，导致真正的补正执行主体动力不足。我国法官不像西方国家法官那样有通过发布令状促使公诉方实施特定行为的权利，公诉机关和公安机关对于瑕疵证据补正不力的行为，有关法律规范既未规定相应的制裁措施，又未纳入到两者的考核评价体系之中，导致两者在瑕疵证据补正问题上动力则相对不足；五是补正主体收集运用补正材料不规范，不符合证据法定形式以及违背了证据质证原则，不仅会影响到证据的认定，也会导致补正规则很难在司法实践中发挥法律规范的功能；六是部分法官对瑕疵证据及补正材料需要达到的程度审核把关不严，可能为一些证据进入法庭提供机会，影响案件的质量。第四部分是刑事瑕疵证据补正制度运行的完善。本部分提出从以下五个方面对刑事瑕疵证据补正制度予以完善：第一是瑕疵证据的补正程序应由控方以明示的方式提出并由法官裁判，使辩方能明确控方意图的同时，显示对法官裁判权的尊重；第二是瑕疵证据的补正先于合理解释，瑕疵证据应当先进行补正，唯有在补正方式不可能的情况下才可以选择合理解释；第三是对补正和合理解释“度”的把握，以补正方式获得的证据材料，必须要能够消除瑕疵证据程序方面的不合法性以及实体方面虚假性的可能，合理解释的理由要充分及符合常识、常情、常理；第四是保障被告人及其辩护人参与瑕疵证据补正程序的权利；第五是加强法院对瑕疵证据的审核作用，瑕疵证据补正规则在实务中执行得如何，法院起着关键性的作用，因此法院应当有责任意识和积极作为，使瑕疵证据补正规则在诉讼活动中更好地发挥法律规范的作用。