对人工饲料摄食性不同蚕品种Long-SAGE文库的构建与差异表达基因分析

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家蚕(Bombyx mori)食性的研究,是家蚕生物学、生理学和遗传学的重要组成部分,其中家蚕对人工饲料的摄食性则是其研究的重点。家蚕对人工饲料的摄食性,在品种间、个体间都存在显著差异,食性的个体差异是导致人工饲料育发育不齐的根本原因,也是限制人工饲料实用化的主要技术障碍。前人在家蚕对人工饲料摄食性的生理遗传学及嗅觉、味觉的分子机理等方面已进行了广泛深入的研究,取得了丰富的研究成果,但是关于家蚕摄食性相关基因的分子水平研究尚未获得突破。1995年Velculescu等首先提出了基因表达系列分析(Serial analysis of geneexpression,SAGE)的方法,该方法具有快速、灵敏、高通量、高丰度、易于发现未知序列等优点,是一种广泛适用的定量分类和各种状态中表达基因比对的有力工具。本论文以对人工饲料摄食性存在显著差异的蚕品种(品系)为材料,构建了摄食性不同家蚕的Long-SAGE表达谱文库,利用生物信息学方法系统分析了高食性蚕和低食性蚕之间差异表达的标签(Tag),挖掘了与家蚕对人工饲料摄食性相关的基因。主要获得如下结果:1分别以广食和鲁七品种3龄起蚕的头部和中肠、菁松A高食性品系和低食性品系以及菁松B高食性品系和菁松B低食性品系的2龄起蚕为材料,构建了8个Long-SAGE数字表达谱文库,其中以广食和鲁七中肠SAGE文库为消减库。每个比较文库都以高食性蚕与低食性蚕进行比对,获得了4个比较文库。2对可以匹配到已知基因,并且符合差异标准的差异标签进行筛选,其中在广食与鲁七头部差异比较文库、菁松A比较文库和菁松B比较文库共同存在的差异表达基因有34个;在广食与鲁七头部差异比较文库和菁松A比较文库的共有差异表达基因119个,其中上下调趋势一致的有50个;在广食与鲁七头部差异比较文库和菁松B比较文库中共同存在的共有差异差异基因179个,上下调趋势一致的有82个;菁松A比较文库和菁松B比较文库中共同存在的共有差异表达基因113个;上下调趋势一致的有21个。3对构建Long-SAGE文库时未匹配到基因的标签进行筛选,在符合差异标准的广食与鲁七头部差异比较文库、菁松A比较文库和菁松B比较文库中筛选到共同存在的差异标签84条,并对得到的84条差异标签(Tag)再次在NCBI中进行BLAST比对,共有39条差异标签重新匹配到已知基因或EST序列,45条差异标签未能成功匹配。4对上述未匹配到已知基因的差异标签(Tag),进行了标签的延长(GLGI),共成功延长17条Tag,其中12条比对到了已知基因。5对上述差异表达基因进行PATHWAY分析,有42个基因比对到相关的代谢通路,参与到42个PATHWAY通路的过程。分析这些通路的功能,其中1个基因参与有机体系统的构建,24个基因涉及到代谢过程,18个基因与遗传信息的处理相关,3个基因参与了细胞过程,还有一个基因参与了环境信息处理过程。6将家蚕中已有报道的嗅味觉相关基因,在所构建的8个SAGE文库和4个比较文库中进行查找,大多数基因没有显著差异,只有少数基因存在差异,但差异较小,且在各高低食性差异组合之间没有共性。
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