我国现行公司法于1993年制定,经过四次修正,颁布实施近三十年。而如今公司纠纷的案件情况之复杂,司法实践花样百出,尤其是涉及到公司章程对于公司内部各股东之间以及对于公司与外部第三人之间的法律效果问题,章程修正案备案与否的效力问题,章程的自治条款是否不违背公司法效力性强制性规定或者公司法原则等均存在一系列争议,同案不同判现象一直存在,导致公司治理有许多不确定性。对此,基于公司章程的法源地位以及公司法的公法和私法特征,公司章程是公司与公司法的桥梁,公司章程实践也推动了公司法的发展,从二者之间的相互关系以及现实涉及公司章程的公司纠纷现状找到造成冲突的原因为公司章程法律属性不明,即在对公司章程进行法律判断是运用不同的衡量尺度,以及在价值判断中公司章程自由主义与公司法干预主义的冲突,也就是公法价值与私法价值的冲突。要协调二者冲突,首先要确定协调的原则为在对公司章程与公司法特征分别研究的基础上遵循股东平等原则与区分对待公司内部与外部自治的范围的原则。探索协调公司章程自治与公司法规范之间冲突的协调路径,在立法层面,完善公司章程与公司法理论的基础上借鉴英美法中的公司章程二分法,这对我国公司法律制度的完善具有现实意义,借鉴章程二分法的同时,不停留在理论研究层面,在实践中赋予章程大纲和章程细则不同的修改规则。在对公司章程制度改进的同时,建议出台司法解释区分公司法规范中的强制性规定与任意性规定,并且明确违反管理性强制性规定与效力性强制性规定的法律后果。在司法层面,司法者坚持克制的立场,认可公司自治原则并且采用案例指导制度,赋予案例对司法裁判更大的指导作用。在行政层面,行政机关通过出台规范性文件,或者在工商登记过程中注重培养市场主体运用公司章程的意识,鼓励对公司章程进行个性化设计。