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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome, PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus, PRRSV)引起的一种以妊娠母猪严重繁殖障碍以及仔猪的呼吸道症状和高死亡率为特征的传染病。PRRS自1987年首次报道发现于美国以来,现已遍及世界各主要养猪国家与地区,并已成为危害养猪业最严重的传染病之一。我国在2006年春夏交接之际,南方地区发生了以高热、高发病率和高死亡率为特征的传染病,而后迅速蔓延至周边地区,至2007年已遍及全国绝大部分省份。目前普遍认为该疫情是由高致病性PRRSV变异株及其他病原微生物在混合感染的条件下所致。1本研究用Marc-145细胞系于2005年从广东地区疑似PRRSV感染猪场分离到3株PRRSV,命名为GD1~GD3;于2006年从江苏地区疑似PRRSV感染猪场分离到5株PRRSV,分别命名为JS1~JS5。采用RT-PCR、IFA对这8个分离毒株进行鉴定,并在Marc-145细胞上完成了病毒的增殖、TCID50的测定和理化性质的鉴定。2选择JS1、JS5和GD3进行全基因组序列的扩增。采用5′Full RACE技术及RT-PCR技术,分段设计引物,分别扩增并克隆了3个分离毒株的所有cDNA片段,测序后拼接获得了3个分离毒株的全基因组序列。JS1、JS5和GD3基因组全长分别为15319nt,15318nt和15408nt(不包括PolyA尾巴)。序列比较显示三者的基因结构相同。GD3在Nsp2存在1个氨基酸的缺失;JS1和JS5的Nsp2存在30个氨基酸的缺失。进化分析表明这3个分离毒株均为美洲型PRRSV。3对22份分离自国内不同省份的PRRSV进行ORF5基因的扩增,分析表明所有的分离毒株均为美洲型。分离毒株推导的氨基酸的相似性为90.0%~99.5%,与VR-2332的相似性为86.6%~90.5%,与CH-1a的相似性为91.5%~99.0%。采用分子生物学软件绘制了PRRSV的遗传演化关系图,表明我国流行的PRRSV毒株分为2个亚群:以CH-1a为代表的包含JXA1,HUN4等高致病性变异毒株在内的毒株为亚群1;以VR-2332为代表的包含少数国内分离毒株为亚群2。