红麻CONSTANS-like基因家族的全基因组鉴定及在光周期诱导中的表达分析

来源 :福建农林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:YOOOZHANG
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
红麻(Hibiscus cannabinus L.)一年生短日照韧皮纤维作物,对光周期反应较为敏感,开花的早晚是影响红麻纤维产量高低的关键因素之一。发掘红麻光周期相关基因,研究光周期诱导开花的作用机制,对于提高红麻适应性、纤维产量和品质等有着重要的作用。CO(CONSTANS)基因是调控植物光周期开花的关键基因,促进或抑制下游基因的表达,实现植物成花转变的调控。前人已在拟南芥、棉花等植物中鉴定表明COL(CONSTANS-like)基因家族具有典型的保守结构域。然而,红麻Actin和COL基因家族成员的挖掘和COL基因家族短日诱导开花的表达模式等尚未见报道。因此,本研究以红麻中福红2号为材料,对筛选获得的红麻Actin内参基因家族和COL基因家族进行蛋白质序列分析、保守结构域预测和基因结构分析等鉴定,利用q RT-PCR技术分析红麻Actin内参基因及COL功能基因的表达模式,主要研究结果如下:1.红麻内参基因的选择与鉴定。本研究从红麻全基因组数据中筛选得到37个Actin基因家族成员,它们分布于01、02、04、05、06、07、08、09、10、11、12、13、14、15、16、17和18号这17条染色体上,均含有Actin基因“NBD_sugar-kinase_HSP70_actin superfamily”典型保守结构域。并对Hc ACT3,Hc ACT5,Hc ACT7和Hc ACT8这4个基因进行内参稳定性表达分析,结果表明,其序列长度依次是6154,4148,2851,2713 bp,与锦葵科植物的亲缘关系较近,其次是葫芦科植物,与大戟科植物的亲缘关系较远。利用内参评估软件Ge Norm、Norm Finder、Best Keeper和Ref Finder评估Actin与18S r RNA等内参基因在中福红2号不同生长发育时期、非生物胁迫(盐和干旱处理)以及激素胁迫(ABA和Me JA处理)条件下的稳定性。结果表明,PP2A-1和ACT5是盐和干旱非生物胁迫下最适合的内参基因;PP2A-2和ACT3是激素胁迫条件下最适合的内参基因;而在不同阶段组织样品中ACT7和18S r RNA-3是最稳定表达的基因,总体来讲,内参基因PP2A-1和ACT3是红麻所有样品中最稳定表达的内参基因组合。2.红麻COL基因家族全基因组鉴定分析。利用生物信息学方法在红麻全基因组数据库中鉴定出38个COL基因家族成员,它们均具有完整的B-box和CCT保守结构域,分别位于红麻1、2、3、4、5、6、7、8、10、11、12、13、15、16和18号这15条染色体上。系统进化表明,COL基因家族可分为3类。第Ⅰ类包含Hc COL1、Hc COL4、Hc COL5、Hc COL6、Hc COL7、Hc COL8、Hc COL9、Hc COL10、Hc COL15、Hc COL16、Hc COL17、Hc COL18、Hc COL21、Hc COL25、Hc COL26、Hc COL28、Hc COL29、Hc COL30、Hc COL34和Hc COL36,均含有1个B-box,1个分化的锌指结构和1个CCT结构域;第Ⅱ类包含Hc COL12、Hc COL13、Hc COL32、Hc COL37和Hc COL38,含有1个B-box和1个CCT结构;第Ⅲ类包含Hc COL2、Hc COL3、Hc COL11、Hc COL14、Hc COL19、Hc COL20、Hc COL22、Hc COL23、Hc COL24、Hc COL27、Hc COL31、Hc COL33和Hc COL35,均含有2个B-box和1个CCT结构。选取Hc COL11、Hc COL12、Hc COL13、Hc COL19和Hc COL20基因进行进化分析,结果表明,红麻COL基因与双子叶芙蓉和陆地棉植物的亲缘关系最近。3.红麻COL基因不同时期不同组织和昼夜节律表达分析。对红麻COL基因进行不同组织表达分析以及长/短日照昼夜节律表达分析,研究表明,Hc COL19在叶片和花瓣中表达量最高,5个Hc COL基因均在叶片中表达量较高,在不同生育时期组织中出现差异表达,Hc COL12和Hc COL13在不同时期组织中表达量较低,而Hc COL11、Hc COL19和Hc COL20在开花期萼片和花瓣中表达量较高。在长日照(LD)和短日照(SD)条件下对红麻COL基因进行昼夜节律表达分析,结果显示,Hc COL11,Hc COL12和Hc COL13在SD条件下基因表达量升高,而Hc COL19和Hc COL20在SD条件下基因表达量下降。Hc COL11,Hc COL13,Hc COL19和Hc COL20则在长、短日照(LD/SD)条件下表达量显著降低,黎明时分基因表达量出现稍微回升,Hc COL12在LD和SD条件下表达量出现先升高后降低的趋势,18h时表达量达到峰值,出现明显的昼夜节律性,表明COL家族基因较多地参与红麻光周期调控的开花途径,在红麻光周期开花途径中起着重要的作用。本研究可为红麻光周期调控机理研究奠定理论基础。
其他文献
<正>Natural Product is a very important resource for anticancer lead finding.One of the most promising research areas of Shanghai Institute of Materia Medica (S
会议
  桥隧三维地质成图系统经过对三维地质实体的研究,可以很好的实现桥隧地质三维实体分析和建模,并辅助桥隧的三维实时设计。本文介绍了该系统解决的主要问题,系统的技术路线、
在目前的室内工程施工场景下,为了提高工作人员的安全性和作业效率,工程作业车的无人化、自动化具有重大意义,尤其是一些需要对污染物进行处理的场合,要尽量避免操作人员进入施工现场。作业车要实现自动作业,其定位系统是关键,一个精度高、稳定性强的定位系统是提高作业车工作效率的重要保障。本文提出了一种具有真实尺度信息的单目ORB-SLAM定位系统,用以实现工程作业车的定位功能。具体研究内容如下:以市场上的小型
本文对医学影像学专业大学生自学能力的培养进行了相关的讨论。文章讨论了培养大学生自学能力的必要性,医学影像学专业的特殊性,以及针对该专业的特殊性应如何培养学生自学能
翻译项目选自 2017 年出版的论文集Fueling Culture:101 Words for Energy and Environment,该书收录了 101个关键词汇,介绍能源人文学中的重点概念。本翻译实践报告选择该能
牙龈出血是某些疾病的“信号”    牙龈出血是口腔疾病和身体其他疾病的一个临床表现,因为没有什么痛苦,常常被忽视。牙龈出血分为被动性出血和主动性出血两类。被动性出血,常见于慢性牙龈炎和牙周炎。正常牙龈呈粉红色,质地坚韧,牙龈缘紧紧地包绕着牙齿的颈部,患牙周疾病时,牙龈的颜色就会变成鲜红或暗红色,牙龈出现水肿,甚至可像海绵一样松软,牙龈缘的位置也发生了变化。多数患者的龈缘处,有大量的菌斑、牙石、软垢
<正>在Watts和Strogatz关于小世界网络以及Barabasi和Albert关于无标度网络的开创性工作之后,复杂网络己成功地应用于许多复杂系统研究之中,并在相应领域取得了突破性进展。
机动车保有量的高速增长与经济水平的迅猛发展使得城市交通系统面临巨大压力,交通拥堵问题日趋严重。作为大多数出行者的刚性需求,以小汽车为出行方式的通勤交通是影响高峰时
近些年高速铁路得到了飞速发展,不仅运营里程逐年增加,列车运营速度也逐步提高。轴箱轴承作为高速列车走行部的关键部件,运行环境也越来越复杂。轴箱轴承不仅实现了构架与轮
择业观是择业主体对选择某种社会职业的认识、评价、态度、方法和心理倾向等,高校师范生是高校具有特点的一个群体,其择业观念受各方面的影响,具有自己的特点。高校师范生的