SH系苹果砧木是国光（Malus domestica var．Rall）和河南海棠（Malus Honanensis Rehder）杂交后代，在抗逆性（抗旱、抗抽条）、矮性、丰产性、果实品质、风味、着色等诸多性状方面有优良表现，为适应中国自然条件的苹果矮化砧木。以往报道中，对SH系砧木主要侧重于从形态、解剖和生理上研究其矮化效果和生产性能，而在DNA分子水平上有关SH系不同类型间特性研究，国内外尚未见报道。AFLP（扩增片段长度多态性）是一种新的DNA分子标记技术，具有较高的多态性、较好的稳定性和较好的个体差异，近年来AFLP技术越来越多的用于果树资源的研究。本试验选取7种苹果SH系砧木及其父、母本，利用AFLP分子标记建立了其DNA指纹图谱，并进行了聚类分析，为苹果优良砧木资源的进一步收集、利用和保存提供科学依据。主要研究结果如下：1．适于AFLP分析的SH系砧木叶片基因组DNA提取方法为改良CTAB法，在2％CTAB提取液中加入1％β-巯基乙醇、2％PVP₄₀及2％Na₂S₂O₅，3M醋酸钠和冰冻无水乙醇同时沉淀DNA，氯仿／异戊醇（24∶1，v／v）抽提，可得到适于AFLP反应的纯度较高，质量较好的DNA。2．建立了适合苹果叶片分析的AFLP银染技术体系：在20μL酶切体系中，包括纯化后的基因组DNA 450ng，EcoRI 3.0U，MseI3.0U，NEB Buffer2 2.0μL，BSA（10mg／mL）0.2μL，37℃酶切5h；加入接头后，37℃连接10h（或过夜）；连接产物稀释10倍进行预扩增；预扩产物稀释10倍进行选择性扩增；加入10μL Loading Buffer变性后，选扩产物在6％变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳和银染程序。3．从130对引物组合中选出20对谱带较清晰、多态性较高的引物组合，对9份供试样品进行扩增分析，共扩增出548条电泳谱带，其中261条为多态性带，多态性比率为47％，根据材料间的特征带和差异带，从而获得国光和河南海棠及其杂交后代SH系基因组DNA指纹图谱。4．依据简单匹配系数对AFLP扩增结果进行UPGMA聚类，获得聚类树状图。结果表明，砧木间相似系数介于0.47～0.76，在相似系数0.58的水平上将7种砧木分为2个类群，4个小组，杂交种SH系砧木存在一定的遗传多样性。5．在相似系数0.55的水平上，SH系砧木与父本河南海棠，母本国光分为3个大的类群。SH系砧木自成一个聚类群，聚类图上SH系砧木位置靠近父本，田间观察SH系多数叶片有较深的缺刻，叶片易出现黄化等现象与河南海棠叶片易黄化、有深缺刻等形态特征很相像，这与分子标记的结果吻合。