多式联运是建立在运输专业化分工基础上的不同运输方式的运输企业之间的联合运输，参与多式联运的运输企业更加强调相互信任，相互合作与协同，以实现“双赢”甚至“多赢”的共同目标。虚拟企业是随着信息技术的迅速发展而逐渐演化形成的一种新的组织模式。多式联运符合虚拟企业的特征，因此，探讨多式联运的虚拟企业运作模式，可以成为我们对多式联运进行研究的一个新的切入点。本文首先对多式联运的运作特征、多式联运中各区段分运承运人之间相互协调的重要性及基于信息集成基础上的虚拟企业运作模式进行了较为深入的分析。在此基础上，认为多式联运符合虚拟企业的运作模式，提出了“多式联运虚拟企业”这一新概念，设计了多式联运虚拟企业的heterarchical的组织结构，阐述了多式联运虚拟企业的运行平台。而后，对多式联运虚拟企业的创建过程进行了研究，提出了基于遗传算法的各区段分运承运人的选择方法，设计和开发了基于多Agent的多式联运虚拟企业各区段分运承运人的选择系统。作为全文的核心内容，对面向集装箱运输组织管理的多式联运虚拟企业运作模式进行了研究。在对多式联运虚拟企业的集装箱运输组织特点进行分析的基础上，阐述了基于Agent对多式联运虚拟企业的运输组织进行管理的动机，设计了基于Agent的多式联运虚拟企业的结构模式、管理框架、信息集成框架。并运用UML和Petri网建立了多式联运虚拟企业的运输组织完整视图，实现了对多式联运虚拟企业的运输组织过程的全局描述。最后，对多式联运虚拟企业的激励机制与利益分配机制进行了探讨。