在我国当前的发展过程中,证券市场对经济的结构调整以及经济的发展和企业的经营机制的转换等方面都起到了很重要的促进作用。变结构协整分析是一种新型的研究方法,它不仅体现经济关系和经济结构的变化,而且也反映了经济系统内部长期均衡的关系。本文从变结构协整关系视角研究金融证券市场中联动效应的产生机制,针对证券市场中存在的结构变化,改进协整关系算法,设计算法实现平台,发现金融证券市场的运行规律。首先,分析证券市场的联动效应并进行了协整关系的理论分析。从市场分割理论和传染理论分析证券市场间的联动关系,界定了证券市场中联动效应的内涵,分析金融政策市场间以及其与宏观经济变量间联动效应的形成机制。从金融证券市场中因联动效应达到不同市场间的长期均衡状态出发,引出了协整关系的内涵以及其与联动效应之间的关系,探索证券市场的联动效应所表现出的证券市场间存在着协整关系。其次,设计基于联动效应的变结构协整算法。金融证券市场中的联动效应具有滞后性和突变性的基本假设,解释了金融证券市场中联动关系的结构突变特征。并在基本假设的基础上,构建了变结构协整算法以及包括均值突变、趋势突变以及均值和趋势的双突变所对应的协整模型。基于MATLAB环境下,设计了变结构协整算法的实现界面。然后,对证券市场中的联动效应进行实证分析。选取深沪两个证券市场以及三个板块的数据为研究对象,利用设计的变结构协整算法实现界面,实证分析金融证券市场的联动效应检验两个证券市场以及三个板块,存在不同模型对应的变结构协整关系。