随着我国科技和经济社会发展的联系日益密切，无论是自然灾害应对、国家产业发展方向选择，还是国家重大工程建设，都需要听取科学家的意见，需要科技思想库做出咨询和判断。作为国家思想库体系核心组成，科技思想库在参与公共决策咨询中发挥着重要功能和作用。近年来，中国科学院、中国工程院、中国科协都扮演着国家科技思想库的角色，自发地组织开展科技决策咨询工作。但目前，除国家科技思想库以外，我国一般科技思想库建设水平还比较低，科技思想库发展还面临的一些问题和制约因素。本文在科学界定科技决策咨询的内涵、体系及特征基础上，运用比较方法，分析国际科技思想库存在形态、内部运行机制、咨询功能及类型;运用历史比较方法，总结和梳理我国科技思想库参与决策咨询的基本模式。在思想库咨询市场的理论架构下，从需求、供给、外部环境条件等三个维度，分析我国科技思想库参与决策咨询的主要问题及原因，提出了促进我国思想库参与科技决策咨询的体制机制创新路径，并对中国科学院建设国家高水平科技思想库进行了探索性的思考。