金华猪历史上经历了上千年的自然及人工选择，是珍贵的研究肉质、抗病力、生产、繁殖性状的模型猪种。杜洛克，长白猪，大白猪是欧洲知名的商业猪种，经历了长期系统化的人工选择来满足市场需求，而金华猪和其他六个中国猪种是中国东南部浙江省本土长期驯养的地方猪种，成长于相对孤立的环境，所以保留了一些独特的高频率有利等位基因及经济性状。此项研究的目的是利用491头中外猪种2％的全基因组测序的108603个SNP位点，通过金华猪种分别与国外猪种和其他六个中国地方猪种对比探测金华猪和其他猪种间选择印记的区别（6个中国地方猪种和3个国外猪种作为参考对照组）。我们用多群体单倍型纯合性检测(XP-EHH)方法揭示了金华猪和其他猪种间显著差异的选择信号。一些候选基因如GH，CRHE，TRAF4，和CCK被发现与肉质，健康，以及繁殖性状有关。此外，研究显示金华猪与肉质，免疫应答和繁殖性状有关的基因组区域在驯养和连续的人工育种过程中发生了正向选择。被检测出的发生正向选择的基因和相应的生物路径表明金华猪与国外猪种及其他本土猪种相比，其经历了不同的选择方向和方式。