九十年代开始的高校合并是继五十年代院系大调整后，我国高等学校布局结构调整和高等教育管理体制改革的重要举措，其目的是改变不符合社会发展要求的“条块分割”办学格局与过于狭窄的人才培养模式，最终提高办学质量和效益。由于合并本身是一项创新，并无经验可循，在合并过程中不可避免出现了诸多新问题，而传统体制的弊端依然存在，因此，只有通过整合才能理顺各方面关系，解决各种弊端，使合并后的高校在新的起点上开始腾飞。本文以合并高校为研究对象，运用教育经济理论、资源基础理论、管理效率理论等基本理论，对合并高校后的整合管理较为系统地进行了论述。首先，对本论文的研究意图和研究方法进行概要说明，综述现有的理论研究成果以及不同观点之间的论争。其次，界定了高校合并整合概念，对高校合并整合的相关理论作了阐释，分析了高校合并的动因和整合过程存在的典型问题，第三，分析了高校合并整合过程，建立了高校合并后整合过程模型，这个模型形象的说明了高校合并整合的过程实质上是高校能力与资源转移并相互融合、转化为新的竞争优势、改进绩效的过程。第四，从学科整合、组织整合、人力资源整合和文化整合四个方面构建了高校合并后的整合优化模式，并针对各部分的整合提出了相应的策略。文章最后通过长沙理工大学合并整合实践的案例分析，从实证的角度论述了高校合并后整合管理的过程，以实现1+1＞2的高校合并功能效应。