新发突发传染病关乎人民生命健康、国家安全、社会稳定,以及经济发展。自2000年起我国每年均出现新发突发传染病疫情(如SARS、禽流感、猪链球菌病、新布尼亚病毒、登革热等),对我国的社会经济发展与人民的生命健康造成严重影响。早期的研究证明,副黏病毒科的麻疹病毒一直在人群中传播,在几个世纪以来造成大量的发病和病死病例。且在过去的几十年里,高致病性亨德拉病毒和尼帕病毒引起的人兽共患传染病反复暴发,使我们不得不警惕在野生动物中尚未被发现的副黏病毒会不会向人类群体中传播、暴发。研究表明,野生动物是新发突发传染病的源头,超过70%的新发突发传染病的病原体都来源于野生动物。啮齿目动物和食虫目动物的数量庞大、种类繁多且呈全球性分布,同时,它们生活的区域与人类活动的范围有着广泛的重叠和密切联系。其中,与人类活动最为密切的鼠类等小型野生哺乳动物被公认为人类传染病最大的传染源。为了了解河南省小型野生哺乳动物携带副黏病毒的遗传进化,我们在河南省南阳市和济源捕获共410只小型野生哺乳动物。经Nest-PCR检测共发现75个副黏病毒阳性样本,阳性率为18.2%。利用RT-PCR方法和高通量测序等手段,扩增获得9株病毒的全基因组。通过对病毒基因组进行相似性比对及系统进化分析,结果表明:老鼠携带的8株病毒与JPV、Bei PV和Tai PV聚集在一起,新发现的副黏病毒间的核苷酸序列相似性为58.4%-69.3%,与同一进化分支上的病毒核苷酸序列相似性为53.8%-76.2%,且基因组结构与JPV、Bei PV和Tai PV相似,故猜测新发现的副黏病毒与上述病毒可能具有相同的特性。河南省新发现的副黏病毒没有发现基因重组或重排事件。另外,新发现的副黏病毒与近年来发现的哺乳动物副黏病毒聚类在一起,地理分布广泛,且主要聚集在印度洋岛屿。值得注意的是,我们在鼩鼱体内发现了类尼帕病毒属副黏病毒。该病毒在进化发育树上与Mojiang virus聚类在一起,Rd Rp相似性为68.2%,与2018年在印度暴发的Ni V毒株的相似性为57.3%,表明该毒株为尼帕病毒属的新种,也说明河南省野生动物中存在类尼帕病毒属的病毒。鉴于副黏病毒对公共卫生的重要影响,加强对河南省小型野生哺乳动物中副黏病毒的监测是非常必要的。