作为发展中大国的中国,其经济得到了迅猛地发展,可是要获取社会经济的可持续发展动力,就需要科学技术的创新支持。随着国家对科技重视程度高涨,提出创新型国家的总体目标,科学研究项目进入了高速发展阶段。建造完善科学研究的平台有助于提升我国的自主创新能力,并确保各项科研项目顺利开展。项目的成本管理工作的进行,是在保质保量减少浪费的基础上创造更多的经济利益。随着科研专项工程项目的增多,因工程自身的一次性,加上科研专项工程的特殊性,就让科研专项工程的项目成本管理有着高难度,许多的管理经验仅仅能作为参考,在科研专项工程实施过程中的没有很好的操作性,因而不能单单将建筑工程项目成本管理的相关方法和措施应用于科研专项工程项目。本文研究科研专项工程项目成本管理的现状,目的是为设计出适合科研专项工程项目成本管理的优化模型。基于科研专项工程项目成本管理的现状分析和其存在的主要问题总结,选取影响成本较大的设计和施工这两个工程项目阶段,提出对科研专项工程的各生命周期运用不同的项目成本管理优化模型。科研专项工程项目的设计阶段根据价值工程来构建项目成本管理优化模型,包含选取科研专项工程功能对象、确定成本系数、构建设计阶段优化模型以及方案的使用等。项目的施工阶段针对项目管理目标要素分析,利用多属性效用原理构建多目标综合优化模型,包括优化模型建立前提条件以及假设、科研专项工程多目标的效用分析以及多目标综合动态优化模型的构建,合理选择模型的评价函数,并利用遗传算法求解本阶段所建立的模型。以航天院的科研楼为实例,通过收集科研楼的有关数据信息,分析并研究科研楼概况、科研楼成本测算、工程进度安排工作等,从而验证所建立的优化模型,并证明模型有着良好的科学实用性,为其他科研专项工程项目成本管理提供了参考。