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棉花作为一种重要的经济作物和纺织原料,一方面劳动力成本的提高,棉花的种植面积不断下降;另一方面随着人们生活水平的提高,市场对棉花纤维品质提出了更高的要求。为解决上述问题,本研究以两个株高和纤维品质有差异的陆地棉品种（系）中棉所49和396289为亲本构建F2群体和F2:3家系,对亲本和F2群体的160个单株分别进行重测序和SLAF-简化基因组测序,构建高密度遗传图谱,并对株高和纤维品质进行QTL定位及相关基因的功能注释,为QTL的精细定位提供技术参考及分子标记辅助育种提供理论支持。除此之外,随着棉花种植逐渐向盐碱较为严重的西北内陆地区迁移,本研究还对群体亲本及中棉所44和中棉所571等四个材料进行室内抗盐试验,希望对材料的抗盐性有所了解并探讨其可能的抗盐机制。综合上述研究,共获得以下结论:1)通过对陆地棉品种（系）中棉所49和396289构建F2群体,对亲本和160个F2单株利用亲本重测序和子代SLAF-简化基因组测序相结合的方法,获得了含有4607个SNP标记,总遗传距离为3063cM,相邻标记间的平均距离0.898c M的高密度遗传图谱。2)利用F2群体及F2:3家系的共四个环境中检测到16个与株高有关的QTLs,能够解释2.07-19.04%的表型变异,并且首次在ChrD05中发现了与株高有关的QTLs。利用Mutmap-like关联分析方法,在ChrA07和ChrD05各获得一个与株高有关的候选区域,结合QTL定位结果,对ChrD05进行精细定位,获得了18个与株高有关的候选基因,通过荧光定量PCR,其中有14个在亲本间显著差异表达。3)利用高密度遗传图谱对细度和成熟度在内的7个纤维品质性状进行QTL定位,共获得157个与纤维品质有关的QTLs,分布于20条染色体上,其中,有7个性状的QTL分布在A03上,6个性状的QTL分布于A04和D02上,5个性状的QTL分布于A11和D07上,等,说明A03、A04、D02、A11和D07等染色体极有可能是控制纤维品质性状的关键染色体。在7个与纤维品质有关的性状中,总共有4763个基因得到注释,在COG、GO和KEGG中分别有2416、4188和2512个基因得到注释,这些基因中的一些可能与纤维品质关系密切。4)通过对中49、396289、中44和中571的播种期的抗盐性试验,发现材料的抗盐能力表现为中571>中44>中49,而396289出现了异常,考虑到396289种子极低的发芽率和含水量以及较高的钾钠离子比,推测396289可能产生了“避盐机制”,即在盐胁迫条件下其种子处于休眠状态,若将其种子移到对照的条件下发芽率可能会提高。