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本文基于形态学性状、18S rDNA序列以及形态和分子合并数据分别对藤壶亚目进行系统发育关系分析，并比较了藤壶亚目各科间成熟精子超微结构，探讨了精子超微结构在藤壶亚目系统发育关系推断上的意义。 一、藤壶亚目支序系统学研究 选取37个形态性状演变系列，以Brachylepas、Verruca和Eochionelasmus属作为外群，采用最大简约法构建藤壶亚目系统发育树。结果显示：藤壶亚目Balanomorpha的单系地位得到较高的支持率；鲸藤壶总科Coronuloidea、藤壶总科Balanoidea、藤壶科Balanidae以及塔藤壶科Pyrgomatidae都是单系群，且支持率较高；古藤壶科Archaeobalanidae为并系，而小藤壶科Chthamalidae和笠藤壶科Tetraclitidae为多系起源。小藤壶科Chthamalidae的种类位于最简约树的一致树的基部，鲸藤壶总科Coronuloidea和藤壶总科Balanoidea互为姐妹群，古藤壶科Archaeobalanidae居于藤壶科Balanidae和塔藤壶科Pyrgomatidae之间。 二、基于18S rRNA基因探讨藤壶亚目系统发生 测定了白条地藤壶Euraphia withersi、日本笠藤壶Tetraclita japonica、泥管藤壶Fustilobalanus kondokovi和高峰藤壶Chirona amaryllis的18S rDNA全序列，结合Genbank中已有的藤壶亚目18S rDNA序列，共11条序列排序后总长度为1776bp。以Verruca spengleri为外群进行系统发育分析。结果表明：藤壶亚目是一单系；鲸藤壶类处于藤壶亚目最基部，早于小藤壶、笠藤壶类分化出来；小藤壶科、笠藤壶科和藤壶科的种类都分别聚成一支，且支持率都较高。 三、形态与分子数据的合并分析 利用合并数据构建的系统发育树拓扑结构与形态和分子数据单独构建的系统发育树相同，均支持藤壶亚目的单系性，鲸藤壶位于最基部，小藤壶科、笠藤壶科和藤壶科的种类各自形成一分支。四、藤壶亚目精子超微结构比较来自4总科4科的5种藤壶精子超微结构具有以下共同特征:核横切面呈半圆形或半月形，中部横切附属小滴呈弯月形半包围核与轴丝，尾部只剩轴丝;中部纵切面有大量小棒状糖原颗粒与轴丝并排。小藤壶科附属小滴结构最简单，藤壶科附属小滴结构最复杂，这与支序分析和基于185 rDNA序列的研究结果相吻合。