随着人们消费观念和文化结构的不断改变，马匹的作用已由过去的役用转变为现在的健身休闲娱乐骑乘工具。培育具有良好的观赏性且速度耐力兼具，并有良好的抗病力和适应性的马匹品种，是马匹育种工作的热点。骨髓是研究免疫功能的典型器官，在机体起着造血和免疫细胞及免疫因子生成的功能。对骨髓表达谱的研究，有助于解析不同生物个体间免疫差异的分子机理。本实验利用Illumina Miseq高通量测序技术，对构建的两个蒙古马和纯血马骨髓表达谱文库进行测序，得到的数据用软件处理后，在KO、KEGG、KOG等数据库进行注释，得到的结果如下:　　1.蒙古马和纯血马骨髓表达谱文库测序得到的原始数据经过去杂和筛选后，分别获得了7116170和7219956的有效reads。　　2.对测序得到的基因数据在染色体上进行注释，两个文库注释到1号、8号和11号染色体的reads最多，注释到29号、30号和31号的reads最少。　　3.两个文库共筛出318差异表达基因，对比纯血马骨髓，蒙古马骨髓表达量显著上调的基因共有241个，表达量显著下调的基因共有77，其中有21个差异表达基因与免疫相关。　　4.GO功能富集分析和KEGG功能富集分析中均显示存在免疫相关差异基因。KOG功能富集分析显示:蒙古马在氨基酸转运代谢和脂质转运代谢通路中，下调基因数目高于上调基因。