我国政治体制的改革引发了权利的转移，社会的发展也推动了社会结构的变迁，在经济和社会领域权利发展的背景下非政府组织应运而生，在社会合理性的社会环境中蓬勃发展。我国市场经济体制改革的深入，政治制度的发展，非政府组织的发展具有必然性。非政府组织作为政府职能的补充，在一定程度上辅助了政府职能转化，弥补了政府职能的不足，有助于培育公民社会，克服政府合法性危机，沟通政府与公民对话，关怀弱势群体，提供社会服务。非政府组织的发展具有两面性，一方面是非政府组织承担着一定的社会管理职能，是社会管理新型主体，在慈善、公共服务等方面弥补了政府失灵，转变社会治理理念，有助于优化社会发展；另一方面是非政府组织作为社会主体之一，又必须在政府监管下从事各项活动，由于非政府组织的特性增加了政府管理的难度。特别是农村草根非政府组织由于种种原因无法取得合法地位，又基于社会合法性活跃于广大农村。非政府组织数量多，种类杂，成立以自发为主，大部分农村非政府组织缺乏稳定的组织结构，管理还比较松散，加上政府对非政府组织的政策限制，使得大部分农村草根非政府组织缺乏合法性。　　本文以湖南省通道县122个行政村为调研对象，在概述农村草根非政府组织等基本概念和治理理论、公民社会理论等理论的基础之上，围绕非政府组织治理这一核心，从农村草根非政府组织治理结构和政府治理政策入手，首先利用实地调查法在对农村非政府组织进行分类，然后结合实地调查的数据分析了农村草根非政府组织治理存在的问题，如组织合法性问题，治理边界模糊问题，治理空间缺失，组织治理结构问题等。再次，深入分析湖南省农村草根非政府组织治理问题的影响因素，特别是从政府治理的角度探讨了组织审批制度、组织形式、资源局限等相关影响因素。明确了农村草根非政府组织治理难题和引发难题的原因，总结国外非政府组织治理的主要做法和经验，归纳出国外非政府组织治理措施对我国的启示，最后，提出如何完善湖南省农村草根非政府组织治理，不仅要改进政府管理规制，优化组织发展方式，从政府治理角度为非政府组织提供良好的法律规制和治理空间，改善组织结构，建立多元化筹资体系，完善功能定位，提高人员素质。本文结合治理理论、公民社会理论以及社会网络分析理论等提出相应的解决对策，对我省农村非政府组织的发展提供一定的现实指导意义。