野大豆（Glycine soja）是栽培大豆的近缘祖先种，在长期的自然选择过程中形成了较为丰富的变异类型，如携带抗病虫、抗旱、耐冷、耐盐、耐瘠薄、高蛋白、结荚多而密等有利基因，是大豆遗传育种的重要资源，也是大豆起源、演化、生态、分类、生理等研究不可多得的育种材料。但目前对野生大豆的研究仅仅处于初级阶段，一部分野大豆种质的优良基因还未被发掘出来，对野大豆进行研究，对合理的利用和保护野大豆资源具有重大意义。近年来，随着分子生物学技术的发展，一些分子标记手段大量的应用于野大豆的遗传研究中，本研究用采自黄河三角洲东营、滨州地区的野大豆为材料，用RAPD、ISSR、SSR三种分子标记技术综合研究分析了野大豆的遗传多样性，揭示了野大豆遗传多样性水平和野大豆居群的遗传变异和遗传结构，为进一步保护和合理利用野大豆，探讨野大豆的起源和进化提供一定的分子依据。本研究对野大豆物种遗传多样性的评价主要从3个指标来研究，即多态性位点所占比例(P)，平均期望杂合度(H)和Shannon多样性指数(I)，在RAPD分析中，6个居群3者的值分别为100.00%，0.4196，0.6057。在ISSR分析中，三者的值分别为96.55%，0.3671，0.5429。在SSR分析中，三者的值分别为91.49%，0.3936，0.5659，三种方法得到的结果相近，表明6个野大豆居群存在着较高水平的遗传多样性。对野大豆居群的遗传结构和遗传分化进行研究，RAPD分析的Gst值为0.3706，Nm值为0.8492，ISSR分析的Gst值为0.3317，Nm值为1.0075，SSR分析的Gst值为0.2627，Nm值为0.7017，结果都表明，各居群间存在一定的遗传分化，遗传变异主要存在于居群内，各野大豆居群间的基因交流频率不是很频繁。三种标记方法根据遗传距离进行的UPGMA聚类分析显示，东营市的5个野大豆居群首先聚在了一块，最后与滨州市滨城区的野大豆居群聚在一块，这可能与它们之间的地理位置和生活环境有关。利用Mantel测试检测了三种分子标记方法之间的相关性，结果表明，三种分子标记方法两两相关，说明三种方法在分析野大豆居群遗传多样性和遗传结构数据时是可靠的，三种分子标记方法均可用于野大豆居群的遗传多样性研究，结果可靠。