在植物燃烧产生的烟中存在Karrikins（KARs）小分子,它是一类外源性的植物种子萌芽刺激物,能够和α/β水解酶超家族成员KARRIKIN INSENSITIVE 2（KAI2）结合触发一系列信号传导通路,促进土壤中休眠种子的发芽。尽管目前实验上对KARs和KAI2的相互作用机制已经有了一定的认识,获得了一些复合物结构,但二者的详细结合过程还有待进一步探究。在当前工作中我们综合运用了分子动力学（MD）、拉伸动力学（Steered MD,SMD）和自适应偏置力方法（Adaptive Biasing Force,ABF）系统地研究了KAR₁与KAI2的详细结合过程。理论计算得到的结合自由能为-7.00 kcal/mol,与实验的测量值-6.83 kcal/mol吻合很好。通过所得的平均力势（Potential of Mean Force,PMF）曲线确定在KAR₁与KAI2的结合过程中存在三种中间态。对得到的模拟轨迹分析发现,在中间态的结构中,Phe26,Phe134、Leu142、Trp153、Phe157、Leu160和Phe194等疏水残基以及桥接水分子将配体稳定在活性口袋。在捕获配体于活性口袋的过程中,蛋白质的局部构型发生了明显的变化。在捕获配体的初始阶段,位于“Cap Domian”的Gln141-Phe157残基发挥重要作用。此外,我们也通过选择适当的坐标系定量地表征了结合过程中配体的构象变化。我们的工作将有助于更深入地了解KARs及其受体蛋白的生理功能。