本研究利用随机扩增多态性DNA技术对褐壳蛋鸡（HK）、白壳蛋鸡（BK）、粉壳蛋鸡（FK）、绿壳蛋鸡（LK）和海兰鸡种C系一代（HC-1）、C系二代（HC-2）、海兰鸡种A系一代（HA-1）、A系二代（HA-2）8个蛋鸡群体在DNA水平上进行了遗传多态性分析，寻找出不同蛋鸡群体的特异性分子标记，并探讨了群体间的遗传距离以及八个群体之间的亲缘关系。结果如下： 一、八个不同蛋鸡群体的特异性分子标记研究 （1）在优化PCR反应条件的基础上，建立了比较完善的RAPD技术体系。在50条随机引物中，30个引物未出现任何扩增产物，12个引物表现为单态，筛选出8个多态引物，每个多态引物的扩增条带数在2～10条之间，平均为5.3条。 （2）通过利用8个引物对八个不同的蛋鸡群体进行PCR扩增，发现在OPV₁₅位点上，共扩增出10条DNA片段，其中A条带可以作为区别HK与BK的分子标记，而E条带可作为HA-1与HA-2的特异性条带。在OPB₀₈位点上，共扩增出12条DNA片段，F条带可以作为HA-1与HA-2的特异性条带，在OPH₀₅位点上，共扩增出12条DNA条带，I条带可以作为区别BK与LK的条带，在OPH₂₀位点上，共扩增出11条DNA片段，C条带可以作为区别LK与FK、BK的特异性条带，但无法区别BK与FK，在OPH₁₉位点上，共扩增出14条DNA片段，C片段可以作为HC-1与HC-2的特异性条带。在OPH₁₃位点，共扩增出10条DNA条带，H片段可以作为HC-1与HC-2的特异性条带。 二、八个不同蛋鸡群体的遗传多样性分析 （1）HK群体内条带相似率最小（0.824）；HA-2群体内的条带相似率最大（0.897）。说明HK群体中遗传纯度不高，具有较大的遗传变异范围；而HA-2群体则具有较大的群体一致度。 （2）HA-1群体中一条带的平均等位基因频率最大（0.7019），BK群体中条带的平均等位基因频率最小（0.4844）。群体内的杂合度可以反映群体内遗传多样性，表明群体内的遗传变异范围。HK群体的杂合度最大（0.5889），表明HK群体中遗传多样性高，具有较大的遗传变异范围；而BK群体中的杂合度最小（0.3766），表明这个群体的遗传多态性较低，群内一致性较高。 （3）在八个不同蛋鸡群体中，HK的遗传多样性指数最大（1.1598）。说明HK群体具有比其它群体较高的遗传多样性，可作为蛋鸡遗传改良的素材，而遗传多样性指数最小的是BK群体（0.6097），这可能与群体采用同质选配和近亲选配等育种手段有关。 （4）本研究采用SPSS软件进行统计分析，根据Nearest Neighbor下的7种聚类方法进行聚类，其中欧氏距离、欧氏平方距离、夹角余弦、皮尔逊相关四种方法得出的结果是基本一致的，较能反映实际来源情况。而车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基三种聚类方法与实际的群体来源分布有较大差异。各种聚类方法得出的结果有一定的差异，这是由不同处理方法各自的特性决定的，也可能与遗传标记以及所研究的位点等因素有关。 （5）从聚类结果可以看出:在8个不同的蛋鸡群体中，FK与LK关系最近，这与群体的实际来源相符。HC一2与HA一2以及HC一1与HA一1亲缘关系最近，这与实际来源稍有出入，但是HC与HA是海兰褐壳鸡的不同品系，具有较高的同源性。而BK、HK、FK、LK与HC一1、HC一2、HA一1、队一2都表现出较远的遗传距离，说明引进品种和地方品种具有较远的亲缘关系。