大学内部治理结构研究是高等教育领域的热点课题。日本国立大学内部治理结构历经数次改革而趋于完善，其成果受到广泛认可，一些国立大学已居身世界一流。因此，研究当代日本国立大学内部治理结构对于完善我国现代大学制度建设，继而创办世界一流大学具有重要的借鉴意义。本文依据大量事实资料，利用文献研究法和个案研究法，对当代日本国立大学内部治理的权力结构、组织特性及其制度困境等方面进行了综合研究。当代日本国立大学内部治理结构包括六大治理主体：校长、役员会、经营协议会、教育研究评议会、校长选考委员会和监事，并由其构成五大权力：决策权力、执行权力、咨询权力、选举权力和监督权力，形成“校长决策——役员会执行——经营协议会与教育研究评议会咨询——监事监督——校长选考委员会选举”的权力运行机制。在校级治理组织的权力分配上，校长同时兼任役员会、经营协议会与教育研究评议会的议长，享有校内最高的决策权力；役员会负责审议与执行校长的决策；经营协议会负责审议有关大学经营管理的事项，教育研究评议会则负责审议有关教育研究方面的事项，形成了“行政—学术”二分的权力结构。当代日本国立大学内部治理结构具有权力合法性、组织公共性和行政规范性等组织特性。现阶段，日本国立大学在其治理结构上陷入了一定的制度困境，这体现在新公共管理理念的简单嫁接、校长集权的不可撼动及“外行参与”的过度纠偏三方面。正确处理大学与政府的关系并吸收校外人士参与大学治理进而形成相互制约的多主体治理制度是当代日本国立大学内部治理结构的可取经验。