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猪盖他病毒(Getah virus,GETV)是一种危害养猪业的虫媒病毒,可引起母猪(尤其妊娠前期)产死胎、出生仔猪震颤、皮肤发红、精神颓废、棕黄色腹泻及较高的死亡率。当断奶仔猪受到应激反应时易引发GETV感染,常常与一些细菌或病毒发生混合感染,严重时死亡率可达50%以上。患病猪、带病猪以及虫媒源是本病的重要传染源。因此,分析辽宁猪GETV基因的特点对于全面了解辽宁猪GETV毒株之间的种系进化关系、分子流行病学特征以及诊断方法的建立提供了重要的参考依据。本研究采用RT-PCR扩增辽宁猪GETV基因片段,测序后利用生物信息学软件拼接辽宁猪GETV全基因组序列,分析其核苷酸和氨基酸同源性、系统进化树特点以便了解辽宁猪GETV基因的遗传变异特征,同时针对辽宁猪GETV的NSP1基因建立了荧光探针和巢氏PCR检测方法,从敏感性、特异性等方面进行优化。结果显示,辽宁猪GETV全基因组与其他GETV代表株基因组核苷酸同源性为97.5%～99.7%;其中CAP、E1、E2、E3、NSP1、NSP2、NSP3、NSP4、6K基因与其他GETV代表株基因核苷酸同源性分别为97.4%～99.6%,98.4%～99.8%,97.9%～99.1%,94.8%～99.6%,96.3%～99.6%,97.0%～99.4%,96.7%～99.3%,95.3%～99.4%,97.4%～99.4%,97.5%～99.7%;辽宁猪GETV全基因组及其9个基因与其他GETV代表株氨基酸同源性分别为96.2%～99.6%,92.3%～98.7%,94.5%～97.9%,96.3%～98.2%,86.0%～99.0%,97.3%～99.5%,91.3%～97.6%,90.1%～97.4%,86.9%～98.2%,97.6%～98.8%。表明辽宁猪GETV基因的氨基酸位点与GETV代表株相应基因的氨基酸位点均存在不同程度的差异。进化树结果显示辽宁猪GETV全基因组及其9个基因与河南HNJZ-S2毒株同源关系最近,同属于亚洲毒株。本研究建立的辽宁猪GETV NSP1荧光探针法引物最佳浓度分别为4umol/L,探针最佳浓度分别为6umol/L,最佳退火温度为50℃,最低核酸检出量为8.8369×10~1copies/μL。辽宁猪GETV NSP1巢氏PCR法的引物最佳浓度分别为3umol/L,最佳退火温度为52℃,最低核酸检出量为8copies/μL,建立的两种检测方法灵敏度高于商品化猪盖他病毒RT-PCR检测试剂盒(90copies/μL),并且均未检测到其他的猪病原体,表明辽宁猪GETV NSP1荧光探针和巢氏PCR检测方法具有很好的敏感性和特异性。通过对辽宁猪GETV全基因组以及单个基因的同源性和遗传进化特点的探究,同时建立了特异性和敏感性较好的辽宁猪GETV荧光探针和巢氏PCR诊断方法,为辽宁猪GETV的防控提供了理论基础,具有重要指导意义。