由于工程具有复杂性、长期性、所处环境动态性等特点，在项目的实施过程中会存在着很多的干扰因素和不可预知的风险从而导致大量索赔事件的发生。然而，我国市场化的历史不长，经验不足，程度不够。工程索赔仍然是我国工程建设管理中一个相对薄弱环节，因此开展索赔方面的研究是十分必要的。本文站在承包商的角度，围绕工程索赔进行了全面深入的研究。详细阐述了索赔与索赔机会识别的相关理论，系统地从合同分析、事件分析、进度分析以及成本分析四个方面对索赔机会识别进行研究，阐述了科学准确估测出合理工程费用对于索赔机会识别的必要性，估测出合理工程费用有效帮助承包商提高索赔机会识别能力。针对于传统工程费用估测方法的缺点，对基因表达式编程理论进行了分析，介绍了此理论方法的优越性，构建了基于基因表达式编程的合理工程费用估测模型。最后从工程实际出发，利用收集到的公路工程数据，验证了基于GEP求解以特征因素为自变量的合理工程费用估测函数模型的可靠性。并用比较图和RMSE、RMSE(%)、E(%)、E1(%)四个统计指标两种效果验证方法,对基于基因表达式编程的合理工程费用估测模型予以评价。结果表明,GEP极强的非线性空间全局搜索的函数发现能力和很高的搜索效率再一次得到验证，使得该模型估测精度高,为承包商对索赔机会的识别提供了一种简单、快捷、有效的方法。